Elliot is verliefd op Giselle en denkt erover om te gaan trouwen. Maar bij een ongeluk is Elliot's reusachtige nieuwe gewei gebarsten. Boog en de anderen vrolijken Elliot op door een konijnengevecht te houden. Mr. Weenie vindt een spoor van hondenkoekjes dat zijn vorige eigenaars hebben achtergelaten en volgt het. Elliot ziet hoe Mr. Weenie wordt meegenomen door zijn oude baasjes, Bob en Bobbie. De Wilden besluiten een reddingspoging te ondernemen om hem te redden. Boog, Giselle, McSquizzy, Buddy, Serge, en Deni doen allemaal mee.
Ondertussen ontmoeten de tamme huisdieren elkaar. Er is Fifi, een speelgoedpoedel en zijn basset hound metgezel Roberto, twee katten; een genaamd Stanley, wiens metgezel een geestelijk gehandicapte kat is genaamd Roger, en een zuidelijke hond genaamd Rufus, wiens metgezel zijn vriendin Charlene is. De wilden vinden Weenie, tot grote ontsteltenis van Elliot, die niet met Giselle wil trouwen. Ze bevrijden hem van zijn ketenen, maar laten hem per ongeluk vastzitten op een RV, samen met Buddy.
De eigenaars, die in de camper rijden, bereiken het dierenkamp met Mr. Weenie en Buddy. Buddy helpt Weenie ontsnappen en Buddy probeert Weenie te bevrijden van zijn shock halsband. Ondertussen komen Serge en Deni terug en leggen uit dat ze Weenie en Buddy in een dierenkamp hebben gevonden, waaruit ze zijn ontsnapt. Boog en de anderen slaan hun kamp op bij een mensenkamp. De wilden bereiken het dierenkamp, maar de huisdieren en hun eigenaars zijn al vertrokken, maar beseffen dat ze naar Pet Paradiso zijn gegaan, een vakantieplek voor huisdieren. Elliot vindt Weenie en Buddy en gaat naar Pet Paradiso om zijn vrienden te redden.
De wilden bereiken Pet Paradiso en proberen binnen te sluipen door zich te vermommen als huisdieren, met Giselle als dalmatiër en McSquizzy als chihuahua. Boog probeert binnen te sluipen als kat, maar krijgt het idee een herdershond te zijn. Elliot vermomt zich ook als Boogs vrouwelijke menselijke eigenaar. Giselle en McSquizzy lopen rond in Pet Paradiso op zoek naar Mr. Weenie, maar hun dekmantel is verraden en ze worden ontvoerd door Fifi en de andere huisdieren.
Er ontstaat een strijd tussen de wilde dieren en de huisdieren, waarbij de beveiliging van Pet Paradiso zich richt op het verdoven van de wilde dieren. Elliot redt Giselle en doet zichzelf per ongeluk een stapel shock halsbanden om. Fifi grijpt uiteindelijk de afstandsbediening en activeert alle shock halsbanden, maar realiseert zich niet dat Elliot alle shock halsbanden op hem heeft geplaatst. Fifi overleeft het, maar door de explosie heeft hij zijn haar verloren en is kaal geworden. De huisdieren en de wilde dieren regelen hun geschillen en besluiten vrienden te worden. Elliot belijdt eindelijk zijn ware gevoelens voor Giselle, en ze trouwen. Tijdens een muzieknummer in het einde van de film, valt Elliot weer van de rand en zijn andere gewei valt er (weer) af.