San Juan de la Maguana ligt in het centrum van de San Juan-vallei, de oude Taíno Maguana, met in het noorden en oosten de Cordillera Central ("Centrale bergketen") en in het zuiden de Sierra de Neiba. In het westen bevindt zich een keten van lage heuvels.
De San Juan rivier is de belangrijkste rivier van de regio en de stad werd gesticht aan de linker (oostelijke) kant van deze rivier.
San Juan de la Maguana heeft een totale oppervlakte van 248,6 km2 (zonder de gemeentelijke districten), ongeveer 7,4% van de totale oppervlakte van de provincie San Juan. De stad ligt op een hoogte van 475 m boven de zeespiegel, en op 120 km ten westen van Santo Domingo. Het heeft 10 gemeentelijke districten (onderverdelingen van een gemeente);
Klimaat
San Juan de la Maguana heeft een tropisch nat en droog/savanneklimaat (Köppen-Geiger classificatie: Aw) met een uitgesproken droog seizoen in de winter.
De gemiddelde jaarlijkse hoeveelheid neerslag in de stad bedraagt 950,6 mm. De maand met gemiddeld de meeste neerslag is september met 148,4 mm, gevolgd door mei met 141,5 mm.
Het droogste seizoen is de winter. De maand met de minste neerslag is januari met gemiddeld 12,1 mm (0,5 in) en de tweede is februari met 15,4 mm (0,6 in).
San Juan de la Maguana ligt in een warme regio; de gemiddelde jaartemperatuur bedraagt 24,8 °C. De warmste maand is gemiddeld augustus met een gemiddelde temperatuur van 26,25 °C (79,3 °F). De koelste maand is gemiddeld januari, met een gemiddelde temperatuur van 22,45 °C (72,4 °F).
| Klimaatgegevens voor San Juan (1961-1990) |
| Maand | Jan | Feb | Mar | Apr | Mei | Jun | Jul | Aug | Sep | Okt | Nov | Dec | Jaar |
| Gemiddelde hoogte °C (°F) | 29.6 (85.3) | 30.4 (86.7) | 31.4 (88.5) | 31.5 (88.7) | 31 (88) | 31.8 (89.2) | 32.7 (90.9) | 32.7 (90.9) | 32.2 (90.0) | 31 (88) | 30.1 (86.2) | 29.6 (85.3) | 31.2 (88.1) |
| Daggemiddelde °C (°F) | 22.5 (72.5) | 23.3 (73.9) | 24.4 (75.9) | 25.2 (77.4) | 25.5 (77.9) | 26 (79) | 26.2 (79.2) | 26.3 (79.3) | 26 (79) | 25.3 (77.5) | 24.1 (75.4) | 22.8 (73.0) | 24.8 (76.7) |
| Gemiddelde diepte °C (°F) | 15.3 (59.5) | 16.1 (61.0) | 17.4 (63.3) | 18.9 (66.0) | 19.9 (67.8) | 20.1 (68.2) | 19.6 (67.3) | 19.8 (67.6) | 19.8 (67.6) | 19.5 (67.1) | 18.1 (64.6) | 15.9 (60.6) | 18.4 (65.1) |
| Gemiddelde neerslag mm (inches) | 12.1 (0.48) | 15.4 (0.61) | 31.2 (1.23) | 69.3 (2.73) | 141.5 (5.57) | 90.2 (3.55) | 108.3 (4.26) | 128.2 (5.05) | 148.4 (5.84) | 134.7 (5.30) | 53.1 (2.09) | 18.2 (0.72) | 950.6 (37.43) |
| Bron #1: NOAA |
| Bron #2: Climatemps.com |