Op 2 juni 1609 zeilde Hopkins over de Atlantische Oceaan naar Jamestown, Virginia op de Sea Venture. Dit was het hoofdschip van een groep schepen onder leiding van Sir George Somers. De Sea Venture vervoerde de nieuwe gouverneur van Jamestown, Thomas Gates, en leverde ook voorraden aan Jamestown.
De schepen waren bijna twee maanden op zee toen een zware storm die vijf dagen aanhield, de schepen van elkaar scheidde. De Sea Venture was zwaar beschadigd en stond op het punt te zinken. Ze zagen land, het eiland Bermuda. Zij bereikten het land maar leden schipbreuk op het eiland. Gelukkig was er veel voedsel en water.
Op 1 september 1609 bouwden zij een lange boot en zonden 8 mannen uit om te proberen Jamestown te bereiken om hulp te halen, maar die boot keerde nooit terug.
Eind november 1609 beginnen ze met het repareren van kleinere boten, genoeg om iedereen van het eiland te halen en door te varen naar Jamestown. Hopkins en anderen waren het niet eens met kapitein Gates en vonden hem geen goede leider. Ze hadden een geschil en Hopkins werd beschuldigd van muiterij. Hij werd ter dood veroordeeld, maar de mensen op het schip smeekten de kapitein om genade en Hopkins werd vergeven.
De kolonisten in Jamestown konden niet goed opschieten met de Indianen en ze weigerden ook voedsel te verbouwen. Soms bedrogen zij de Indianen en deze keerden zich tegen de kolonisten met geweld dat jaren aanhield.
Op 10 mei 1610 verlieten Hopkins en anderen het eiland Bermuda en kwamen elf dagen later naar Jamestown. De mensen in Jamestown stierven van de honger. Ze waren bang om buiten het fort te komen en braken hun huizen af voor brandhout. Ze plantten geen gewassen. Ze weigerden ook handel te drijven met de indianen of te vissen. Toen hij uit Bermuda aankwam, schatte Gouverneur Gates dat er nog maar voor enkele dagen voedsel was. Hij besloot naar Newfoundland te varen en vervolgens naar Engeland te gaan. Net toen zij zich opmaakten om te vertrekken, kwam een Engels schip de haven binnen met voorraden en nieuwe kolonisten, samen met een nieuwe gouverneur, Lord de la Warr. De kolonisten werden gedwongen terug te keren en hun fort weer op te bouwen.
William Shakespeare schreef een toneelstuk genaamd The Tempest in november 1611. Het gaat over een groep passagiers die schipbreuk lijden door een hevige storm. Dat stuk heeft een personage dat Stephen Hokpins zou moeten zijn.
Terug in Engeland overleed Hopkins' vrouw Mary onverwacht in mei 1613, en liet haar drie jonge kinderen helemaal alleen achter. Hopkins keerde terug naar Engeland om voor zijn kinderen te zorgen. Enige tijd later trouwde hij met zijn tweede vrouw Elizabeth Fisher.
Toen Hopkins hoorde van de geplande "Mayflower" reis naar Noord Virginia om een kolonie te stichten, besloot hij dat hij graag mee zou gaan.
De kinderen van Stephen en Elizabeth Hopkins waren Damaris, Oceanus, Caleb, Deborah, Damaris, Ruth en Elizabeth. Oceanus werd tijdens de reis geboren.