Bonao ligt in de Bonao-vallei in het centrum van de Dominicaanse Republiek. Het heeft een totale oppervlakte van 142,8 km2 (55,1 sq mi). Het heeft vijf gemeentelijke districten (een gemeentelijk district is een onderafdeling van een gemeente); dit zijn Arroyo Toro-Masipedro, Jayaco, Juma Bejucal, La Salvia-Los Quemados en Sabana del Puerto.
De hoogte van de stad Bonao is 83 m (272 ft) boven de zeespiegel.
De gemeente Bonao grenst in het noorden en westen aan de provincie La Vega, in het oosten aan de provincie Sánchez Ramírez, in het zuidoosten aan de gemeente Maimón, in het zuiden aan de gemeente Piedra Blanc en in het zuidwesten aan de provincie San José de Ocoa.
De stad ligt in de buurt van de rivier Yuna, een van de belangrijkste rivieren van het eiland Hispaniola; de bronnen van de rivier liggen aan de oostkant van de Cordillera Central ("Centrale bergketen"). De rivier stroomt door de Bonao-vallei en vervolgens door de Ciba-vallei en mondt uit in de Samaná-baai.
Er zijn nog andere kleinere rivieren in de buurt van Bonao, zijrivieren van de rivier Yuna.
Klimaat
Bonao heeft een tropisch nat klimaat (Köppen-Geiger classificatie: Af) zonder droog of koud seizoen aangezien het constant vochtig is (regenval gedurende het hele jaar).
De gemiddelde hoeveelheid neerslag voor het jaar in de stad is 2.216,2 mm (87,3 in). De maand met de meeste gemiddelde neerslag is mei met 333,3 mm (13,1 in) neerslag, gevolgd door oktober met 251,8 mm (9,9 in).
Het droogste seizoen is de winter. De maand met de minste neerslag is januari met gemiddeld 107,2 mm (4,2 in), gevolgd door februari met gemiddeld 108,3 mm (4,3 in).
| Klimaatgegevens voor Bonao (1961-1990) |
| Maand | Jan | Feb | Mar | Apr | Mei | Jun | Juli | Aug. | Sep | Okt | Nov. | Dec | Jaar |
| Gemiddelde temperatuur °C (°F) | 29.5 (85.1) | 29.9 (85.8) | 30.8 (87.4) | 31.3 (88.3) | 31.7 (89.1) | 32.9 (91.2) | 33.0 (91.4) | 33.0 (91.4) | 33.1 (91.6) | 32.6 (90.7) | 31.2 (88.2) | 29.5 (85.1) | 31.5 (88.8) |
| Gemiddeld laag °C (°F) | 18.1 (64.6) | 18.1 (64.6) | 18.7 (65.7) | 19.5 (67.1) | 20.1 (68.2) | 20.9 (69.6) | 21.1 (70.0) | 21.0 (69.8) | 20.6 (69.1) | 20.3 (68.5) | 19.6 (67.3) | 18.7 (65.7) | 19.7 (67.5) |
| Gemiddelde neerslag mm (inches) | 107.2 (4.22) | 108.3 (4.26) | 117.7 (4.63) | 204.1 (8.04) | 333.3 (13.12) | 138.8 (5.46) | 176.3 (6.94) | 203.9 (8.03) | 180.2 (7.09) | 251.8 (9.91) | 248.2 (9.77) | 146.4 (5.76) | 2,216.2 (87.23) |
| Bron: NOAA |