De oorsprong van de stad begint met een fort dat door de Kozakken werd gebouwd om de keizerlijke grenzen te verdedigen en het Russische eigendom over Circassië op te eisen, dat door het Ottomaanse Turkije werd betwist. In de eerste helft van de 19de eeuw groeide Jekaterinodar uit tot een druk centrum van de Koeban-Kozakken. In 1867 kreeg het de status van stad. In 1888 woonden er ongeveer 45.000 mensen in de stad en werd het een vitaal handelscentrum van Zuid-Rusland. In 1897 werd in Jekaterinodar een obelisk gebouwd ter herinnering aan de 200-jarige geschiedenis van de Koeban-Kozakkenherberg.
Tijdens de Russische Burgeroorlog wisselde de stad verschillende keren van eigenaar tussen het Rode Leger en het Vrijwilligersleger, veel Koeban Kozakken waren toegewijde anti-Bolsjewieken die de Witte Beweging steunden.
Tijdens de Grote Patriottische Oorlog (Tweede Wereldoorlog) werd Krasnodar tussen 12 augustus 1942 en 12 februari 1943 bezet door het Duitse leger. De stad liep zware schade op tijdens de gevechten, maar werd na de oorlog herbouwd en gerenoveerd.
In de zomer van 1943 begonnen de Sovjets processen, ook tegen hun eigen burgers, wegens samenspanning met de nazi's en deelname aan oorlogsmisdaden. Het eerste proces werd gehouden in Krasnodar op 14-17 juli 1943. Dit was het eerste openbare proces over de massamoord op Joden tijdens de Holocaust. Het tribunaal in Krasnodar sprak acht doodvonnissen uit, die op het stadsplein ten overstaan van een menigte van ongeveer dertigduizend mensen summier werden voltrokken.
De beroemde Russische sopraan Anna Netrebko, sopraan Evgenia Kononova, kosmonaut Gennady Padalka, contrarevolutionair Andrei Shkuro en ritmisch gymnaste Inna Zhukova zijn in Krasnodar geboren. Een andere opmerkelijke inwoner van Krasnodar is de Griekse basketbalinternational Lazaros Papadopoulos, die met zijn Pontische Griekse ouders naar Griekenland emigreerde toen hij 10 jaar oud was.