Tot 8000 jaar geleden was het peil van de zee veel lager. De Torres Strait zou niet door water bedekt zijn geweest, wat betekent dat mensen en dieren tussen Nieuw-Guinea en Australië konden lopen. Sommige dieren en vogels komen zowel in Nieuw-Guinea als in Queensland voor, zoals de kasuaris. Andere dieren, zoals varkens, kwamen in Nieuw-Guinea aan nadat de zeespiegel steeg en de landbrug sloot en konden Australië niet bereiken.
Er zijn bewijzen dat er al minstens 2500 jaar mensen op de Torres Strait-eilanden wonen. Waarschijnlijk woonden er al veel eerder mensen, maar de stijgende zeespiegel heeft de vroegere vindplaatsen bedekt.
Europese ontdekking
De eerste bekende Europeaan die door de zeestraat voer was Luis Váez de Torres, een Spaanse of Portugese zeeman. Hij was tweede-in-bevel van de Spaanse expeditie onder leiding van de Portugees Pedro Fernandez de Quirós die in 1605 van Peru naar de Stille Zuidzee voer. Nadat het schip van Quiros was teruggekeerd naar Mexico, bleef Torres doorvaren naar de Molukken en vervolgens naar Manilla. Hij zeilde langs de zuidkust van Nieuw-Guinea. Mogelijk heeft hij Cape York op het Australische vasteland gezien, maar er is geen bewijs om dit te bewijzen. Torres schreef een brief aan de Spaanse koning over zijn ontdekkingen, maar dit werd tot 1762 geheim gehouden.
In 1769 was de Schotse geograaf Alexander Dalrymple bezig met het vertalen van Spaanse brieven die in 1762 op de Filippijnen waren gevonden. Hij las de brief van Luis Váez de Torres over een doorgang ten zuiden van Nieuw-Guinea. Dalrymple schreef een boek, de Historical Collection of the Several Voyages and Discoveries in the South Pacific Ocean in 1770-1771. Dit boek wekte veel belangstelling voor het idee van een onbekend continent. Dalrymple noemde de zeestraat naar Torres. Dit bracht kapitein James Cook ertoe nog een reis naar de Stille Zuidzee te maken. Dalrymple was boos dat niet hij, maar kapitein Cook de leiding kreeg over de expeditie die in 1770 leidde tot de ontdekking van de oostkust van Australië. In 1770 voer Cook door de zeestraat nadat hij de oostkust van Australië was opgevaren. Hij landde op Possession Island en claimde al het land van Australië voor Groot-Brittannië.
Toen mensen als James Cook, William Bligh en Matthew Flinders de zeestraat gingen verkennen en in kaart brachten, begonnen veel meer schepen er doorheen te varen op weg van Sydney naar India of Azië. Het was nog steeds moeilijk voor schepen, en vele leden schipbreuk op de riffen. Een Schotse vrouw, Barbara Thompson, was de enige die werd gered toen het schip "America" in 1842 een rif ramde. Zij werd gered door de eilandbewoners en leefde vijf jaar bij hen op Prince of Wales Island, totdat een ander schip haar terug naar Sydney kwam brengen.
Handel
Van de jaren 1860 tot ongeveer 1970 was er een belangrijke handel in parels in de zeestraat. De parelvisserij bracht veel ervaren duikers uit vele landen, vooral uit Japan.
Missionarissen
De London Missionary Society arriveerde op Erub (Darnley Island) in 1871. De eilandbewoners vieren de komst van de missionarissen nog steeds als "De komst van het licht", en het is elk jaar feest op de eilanden.
Regering
Hoewel sommige van de Torres Strait-eilanden vlak voor de kust van Nieuw-Guinea liggen, werden zij in 1879 overgenomen door Queensland, dat toen een Britse kolonie was. In 1978 werd in een overeenkomst tussen Australië en Papoea-Nieuw-Guinea de juiste positie van de zeegrens in de Torres Strait vastgelegd. De Torres Strait heeft ook een eigen vlag. Deze is ontworpen door Bernard Namok van Thursday Island. Hij heeft een achtergrond van vijf strepen, groen voor het land, blauw voor de zee en zwart voor de mensen. De vlag heeft een grote witte Dari, of hoofddoek, en een vijfpuntige ster voor de vijf belangrijkste eilandgroepen. In 1995 werd de vlag officieel een vlag van Australië.
Wereldoorlog II
In de Tweede Wereldoorlog werd Horn Island in Torres Strait, 150 km (93 mi) ten noorden van Cape York, de meest noordelijke luchtmachtbasis van Australië. In 1940 werden er twee grote landingsbanen aangelegd. Het werd door duizenden geallieerde vliegtuigen gebruikt. Met acht Japanse luchtaanvallen in 1942 was het de meest aangevallen plaats in Queensland. De omstandigheden op het eiland waren zwaar voor de soldaten, met slecht voedsel, niet genoeg water, ziektes en aanvallen van de Japanners. Het vliegveld is nog steeds in gebruik als de belangrijkste luchthaven voor het verre noorden van Queensland. Het is nu een toeristenoord, vooral bekend om zijn visvangst.
