Zowel theorie als waarnemingen maken deel uit van de wetenschap, en ze zijn met elkaar verbonden in een soort cyclus. Een heel duidelijk voorbeeld was de voorspelling van Einstein dat een bron van zwaartekracht (zoals een ster) licht dat in de buurt komt, zou afbuigen. In 1919 werd een expeditie georganiseerd om de posities van sterren rond de zon vast te leggen tijdens een zonsverduistering. Uit de observatie van de sterposities bleek dat de schijnbare sterposities dicht bij de zon enigszins afweken van hun normale verwachte posities. In feite werd het licht dat de zon passeerde door gravitatie naar de zon toe getrokken. Dit bevestigde de voorspellingen van gravitationele lensing door Albert Einstein in de algemene relativiteitstheorie, gepubliceerd in 1915. Dit was het eerste harde bewijs voor Einsteins theorie.
Het punt hier is dat de waarneming en de theorie met elkaar verbonden waren. De waarneming zou niet zijn gedaan zonder de theorie, en dan was de waarneming een overtuigend bewijs ten gunste van de theorie. De theorie had een kritische test doorstaan. Sindsdien zijn er nog veel meer proeven gedaan met Einsteins ideeën, en die waren allemaal in overeenstemming met zijn theorie.
Een "naïeve" opvatting van wetenschap
Volgens het gezond verstand begint de wetenschap met waarnemingen: alle wetenschappelijke kennis komt voort uit ervaringsfeiten. Theorieën ontstaan door observatie van deze feiten en worden vervolgens getest door voorspelling.
Hier volgt een schema van dit idee van wetenschap dat sommige filosofen een naïeve opvatting van wetenschap noemen:
---> INDUCTIE ---> WETTEN EN THEORIEËN ---> DEDUCTIE ---> VOORSPELLINGEN EN VERKLARINGEN ERVARINGSFEITEN
Deze naïeve opvatting wordt tegenwoordig niet door veel filosofen gehuldigd. In de eerste plaats wordt wetenschap gezien als een eenrichtingsmotor van "feiten" (wat zijn dat?) naar theorieën en voorspellingen. Zoals blijkt uit het voorbeeld van Einstein, waar een theorie andersom leidde, past het model niet bij veel van de wetenschap. In feite zijn de relaties tussen de onderdelen van een wetenschappelijke filosofie uiterst complex.
Een voorspelling testen
Volgens Pierre Duhem en W.V. Quine is het onmogelijk een theorie geïsoleerd te testen. Om bijvoorbeeld de gravitatiewet van Newton in ons zonnestelsel te testen, heeft men informatie nodig over de massa's en posities van de zon en alle planeten. Beroemd is dat het niet voorspellen van de baan van Uranus in de 19e eeuw niet leidde tot het verwerpen van de Wet van Newton. In plaats daarvan leidde het tot de verwerping van de hypothese dat er slechts zeven planeten in ons zonnestelsel zijn. De onderzoeken die volgden leidden tot de ontdekking van een achtste planeet, Neptunus. Als een test mislukt, is er iets mis. Maar het is een probleem om uit te vinden wat dat iets is: een ontbrekende planeet, slecht geijkte testapparatuur, een onvermoede kromming van de ruimte, enz.
Een gevolg van de stelling van Duhem-Quine is dat elke theorie verenigbaar kan worden gemaakt met elke empirische waarneming door toevoeging van extra (ad hoc) hypothesen. Daarom gebruikt de wetenschap Occam's Razor; hypothesen zonder rechtvaardiging worden geëlimineerd. Dit bracht Karl Popper ertoe naïeve falsificatie te verwerpen ten gunste van de "survival of the fittest", oftewel de meest falsifieerbare, van de wetenschappelijke theorieën. In de visie van Popper is elke hypothese die geen toetsbare voorspellingen doet eenvoudigweg geen wetenschap. Een dergelijke hypothese kan nuttig of waardevol zijn, maar kan niet als wetenschap worden beschouwd. W.V. Quine vond dat empirische gegevens niet volstaan om een oordeel te vellen tussen theorieën. In deze opvatting kan een theorie altijd in overeenstemming worden gebracht met de beschikbare empirische gegevens. Dit betekent echter niet noodzakelijkerwijs dat alle theorieën even waardevol zijn, omdat wetenschappers vaak gebruik maken van leidende principes zoals Occam's Razor.
Een gevolg van deze opvatting is dat specialisten in de wetenschapsfilosofie de eis benadrukken dat waarnemingen die ten behoeve van de wetenschap worden gedaan, beperkt blijven tot intersubjectieve objecten. Dat wil zeggen dat de wetenschap zich beperkt tot die gebieden waar algemene overeenstemming bestaat over de aard van de betrokken waarnemingen. Het is betrekkelijk gemakkelijk om overeenstemming te bereiken over waarnemingen van fysische verschijnselen, moeilijker om overeenstemming te bereiken over waarnemingen van sociale of mentale verschijnselen, en uiterst moeilijk om overeenstemming te bereiken over zaken van theologie of ethiek (en deze laatste blijven dus buiten het normale bereik van de wetenschap).