Transposons worden in vele levensvormen aangetroffen. Zij kunnen vele malen onafhankelijk van elkaar zijn ontstaan, of misschien slechts één keer en zich vervolgens via horizontale genoverdracht naar andere koninkrijken hebben verspreid.
Hoewel sommige transposons hun gastheren voordelen kunnen bieden, worden de meeste beschouwd als zelfzuchtige DNA-parasieten. In dit opzicht zijn zij vergelijkbaar met virussen. Verschillende virussen en transposons delen ook kenmerken in hun genoomstructuren en biochemische capaciteiten, hetgeen tot speculaties leidt dat zij een gemeenschappelijke voorouder hebben.
Overmatige transposonactiviteit kan een genoom vernietigen, wat dodelijk is. Veel organismen hebben mechanismen ontwikkeld om ze af te remmen. Bacteriën kunnen gendeletie gebruiken om transposons en virussen uit hun genoom te verwijderen, terwijl eukaryote organismen RNA-interferentie (RNAi) gebruiken om de transposonactiviteit te remmen.
In gewervelde diercellen coderen bijna alle meer dan 100.000 DNA-transposons in een genoom voor inactieve polypeptiden. Bij de mens zijn alle klasse I-achtige transposons inactief. Het eerste DNA-transposon dat als hulpmiddel voor genetische doeleinden werd gebruikt, het Doornroosje-transposonsysteem, was een transposon dat uit een lange evolutionaire slaap was herrezen.
Rol in het immuunsysteem
Transposons zijn wellicht door het gewervelde immuunsysteem overgenomen als middel om diversiteit van antilichamen te produceren: Het V(D)J recombinatiesysteem werkt volgens een mechanisme dat lijkt op dat van transposons. Dit is een systeem van drie genen die herschikt worden bij de produktie van gewervelde lymfocyten. Het systeem codeert op uiteenlopende wijze eiwitten die passen bij antigenen van bacteriën, virussen, parasieten, disfunctionele cellen zoals tumorcellen, en pollen.
De uiteindelijke DNA-sequentie, en dus de sequentie van het antilichaam, is zeer variabel, zelfs wanneer dezelfde twee V-, D-, of J-segmenten worden samengevoegd. Deze grote diversiteit maakt VDJ-recombinatie mogelijk om antilichamen te genereren, zelfs tegen microben die noch het organisme noch zijn voorouders ooit eerder zijn tegengekomen.