Geboorteafwijkingen (of aangeboren afwijkingen) zijn afwijkingen bij de geboorte van een baby of afwijkingen die in de eerste levensmaand ontstaan.

Er zijn twee hoofdtypen aangeboren afwijkingen. De eerste wordt veroorzaakt door genetische afwijkingen, die erfelijk zijn. De tweede wordt veroorzaakt door aandoeningen (zoals infectieziekten) die een baby van zijn moeder krijgt.

Soms kunnen artsen al voor de geboorte ontdekken dat een baby een aangeboren afwijking heeft. Zij maken dan gebruik van prenatale diagnostiek en screeningstests, zoals een vruchtwaterpunctie.