De kritiek op het boeddhisme lijkt veel op de kritiek op elke andere godsdienst. Ze wordt vooral geuit door mensen die het niet eens zijn met wat de godsdienst zegt en gelooft. De kritiek komt vaak van agnosten, sceptici, materialistische filosofie, mensen die andere religies aanhangen, of van boeddhisten die verandering willen.
Tot de kritiek behoren enkele overtuigingen die alleen in sommige boeddhistische culturen en instellingen voorkomen. Deze zijn niet allemaal trouw aan de oorspronkelijke boeddhistische principes. Sam Harris, een aanhanger van het Nieuwe Atheïsme, en gelovigen in boeddhistische meditatie zeggen dat veel aanhangers van het boeddhisme het op de verkeerde manier als religie behandelen. Zij zeggen dat hun geloof vaak "naïef, petitionair en bijgelovig" is. ("Petitionair" betekent een verzoekschrift, of een verzoek, zoals bij het vragen om hulp). Zij denken dat dit de volgelingen ervan weerhoudt de ware boeddhistische principes na te leven.
Sommige critici zeggen dat boeddhistische volgelingen en leiders geïnteresseerd zijn in bezit en geld. Zij menen dat zij corrupt zijn en meer geïnteresseerd zijn in rijkdom en macht dan in boeddhistische beginselen. Er zijn veel seksschandalen geweest waarbij leraren in westerse boeddhistische groepen betrokken waren.
Michael Jerryson gelooft dat het boeddhisme vanaf het begin verbonden is geweest met de overheid. Hij denkt dat het onvermogen om het idee van een land zonder boeddhisme te begrijpen, leidt tot een soort religieus nationalisme. Hij vindt dit terug in veel boeddhistische conflicten. In het middeleeuwse Zuidoost-Azië waren er veel boeddhistische staten. Deze omvatten het Pagan Koninkrijk, het Sukhothai Koninkrijk en het Koninkrijk Polonnaruwa. In Sri Lanka namen moderne monniken vaak deel aan de politiek van het land. Zij deden dit hoewel de Boeddha alleen geloofde in het helpen van anderen bij het maken van hun eigen keuze in de regering. Ook vredesactivisten als A. T. Ariyaratne hebben het boeddhisme gebruikt voor hun manier van doen.
Oost-Aziatische Mahayana-boeddhisten krijgen ook vaak geld van de overheid. De zenpriester Brian Daizen Victoria schreef in zijn boek Zen at War dat boeddhistische groepen het Japanse militarisme rechtvaardigden. Hij zei dat ze het Japanse leger hielpen op het slagveld. Door het boek hebben verschillende groepen sorry gezegd voor hun daden.
Na de problemen in 2008 in het Tibetaanse gebied van de VRC beweerde China dat de Dalai Lama de problemen en het geweld mede heeft veroorzaakt. Een Chinese woordvoerder zei dat in kloosters in de hoofdstad van Tibet een groot aantal geweren en explosieven was gevonden.
Het boeddhisme is bekritiseerd omdat het vrouwen als minder dan mannen behandelt. Dit betreft vooral vrouwelijke monniken. De meeste scholen van het boeddhisme hebben meer regels voor Bhikshuni (nonnen) dan voor bikshu (monniken). Boeddhisten zeggen dat in de tijd van de Boeddha nonnen meer problemen hadden zoals hun veiligheid. Monniken reisden vaak in het bos en tussen steden. Daarom werden er meer regels opgesteld voor nonnen, bijvoorbeeld: nonnen mogen niet alleen reizen.
Op het congres in Hamburg in 2007 zei de Dalai Lama dat mannen en vrouwen gelijke rechten hebben, maar dat de cultuur soms de gang van zaken beïnvloedt.