Zeekoeien leven aan de kusten van de Atlantische Oceaan en de rivieren. De West-Afrikaanse lamantijn leeft aan de westkant van Afrika, aan de kusten van Senegal tot Angola. Ze leven ook in sommige rivieren zoals de rivier de Niger en rond het Tsjaadmeer. De West-Indische Manatee leeft in de Golf van Mexico en het Caribisch gebied, en ook aan de kusten van Brazilië en Venezuela. De Amazone Manatee leeft in delen van het Amazonebekken in Zuid-Amerika.
Zeekoeien leven in zout water en in zoet water. Aan zee leven ze meestal in ondiep water, zoals lagunes en mangroven. Ze leven ook in brak water en rivieren. Zeekoeien houden van wateren met een temperatuur van meer dan 20 °C.