Omdat Afrika een zeer groot continent is, en noord/zuid loopt over de evenaar, kent het gebied veel verschillende klimaten en habitats.
Het grootste deel van de Afrotropen heeft een tropisch klimaat. Een brede gordel van woestijnen scheidt de Afrotropen van de Palearctische ecozone, die Noord-Afrika en het gematigde Eurazië omvat.
Sahel en Soedan
Ten zuiden van de Sahara lopen twee gordels van tropische en subtropische graslanden, savannes en struikgewas in oostelijke en westelijke richting over het continent, van de Atlantische Oceaan tot de Ethiopische hooglanden.
Onmiddellijk ten zuiden van de Sahara ligt de Sahelgordel, een overgangszone van halfdroog kort grasland en Acaciasavanne.
Verder naar het zuiden neemt de regenval toe in Soedan, een gordel van hoger gelegen graslanden en savannes. De Soedanese savanne herbergt twee grote overstroomde graslanden en savannes, de Soedd-wetlands in Soedan en de Nigerdelta in Mali.
Zuid-Arabische bossen
Zuid-Arabië, voornamelijk Jemen en delen van het westen van Oman en het zuidwesten van Saoedi-Arabië, heeft weinig permanente bossen. Voor het overige liggen de bossen verspreid over het land en zijn het zeer kleine jeneverbes- of acaciabossen.
Boszone
Een gordel van laagland tropische vochtige loofbossen, loopt over het grootste deel van equatoriaal Afrika.
Het grootste tropische bosgebied in Afrika zijn de bossen van het Kongobekken in Centraal-Afrika. Een gordel van tropisch vochtig loofbos loopt ook langs de kust van de Indische Oceaan, van Zuid-Somalië tot Zuid-Afrika.
Oost-Afrika
De Great Rift Valley geeft Oost-Afrika zijn unieke mix van diepe meren, hooglanden, vulkanen en grasland.
Zuidelijk Afrika
Bossen, savannes, graslanden en woestijn.
Madagaskar en de eilanden in de Indische Oceaan
Madagaskar en de naburige eilanden vormen een aparte subregio van de ecozone, met talrijke endemische taxa zoals de lemuren.
Madagaskar en de Seychellen maken geen deel uit van Afrika, en dat verklaart waarom de geavanceerde primaten van Afrika (apen, mensapen) niet in Madagaskar voorkomen. Dat komt omdat Madagaskar sinds het uiteenvallen van Gondwana niet meer met Afrika verbonden is. Lemuren bezetten min of meer dezelfde ecologische niches als apen in Afrika.
Andere eilanden in de Indische Oceaan, zoals de Comoren en de Mascarene-eilanden, zijn vulkanische eilanden die recenter zijn gevormd. Madagaskar bevat verschillende belangrijke biosferen: de biodiversiteit en het aantal unieke soorten is groot.
- Droge loofbossen van Madagaskar
- Madagaskar doornstruiken
- Laaglandregenwouden van oostelijk Madagaskar