Florida is een biodiverse staat, met 3.500 inheemse vasculaire planten en 1.500 gewervelde dieren, een hoger aantal dan alle andere staten, op drie na. In een studie van de Voedsel- en Landbouworganisatie van de Verenigde Naties uit 2003 werd gesteld dat de Straat van Florida de hoogste biodiversiteit in de Atlantische Oceaan had, en de thuisbasis was van 25 endemische soorten.
Flora
Ook aan de zuidwestkust van Florida is het roodtijdprobleem aan de orde geweest. Hoewel er veel is geraden over de oorzaak van de giftige algenbloei, is er geen bewijs dat deze wordt veroorzaakt door vervuiling of dat er sprake is van een toename in de lengte of de frequentie van de uitbraak van eb en vloed.
Bloemig ongedierte
De inheemse flora wordt bedreigd door verschillende invasieve planten, waaronder de Braziliaanse peper (Schinus terebinthifolius). Het bezit en de groei van deze boom is illegaal. Grote aantallen vrijwilligers kappen deze indringers, vooral langs waterwegen. De Australische den (Casuarina spp.) wordt actief aangevallen.
Andere buitenlandse plagen zijn de Aziatische ambrosiakever (Xyleborus glabratus), die de plaatselijke avocado-industrie en de roodstaartbomen (Persea borbonia) bedreigt.
Het is illegaal om Afrikaanse reuzenslakken (achatina fulica) te importeren. Deze bedreigen gebouwen, 500 soorten lokale planten en dragen hersenvliesontsteking.
Fauna
Endemische soorten in Florida zijn de Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), Miami blue (Cyclargus thomasi bethunebakeri), Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae), en Key Deer (Odocoileus virginianus clavium).
Florida is een populaire bestemming om vogels te kijken, vanwege de vele soorten die in de staat op verschillende tijdstippen van het jaar te vinden zijn. De Florida Ornithological Society onderhoudt de officiële staatslijst van de vogels van Florida, die momenteel 498 soorten bevat. Een studie die in 2003 door de Florida Fish and Wildlife Conservation Commission werd gepubliceerd, documenteerde 196 vogelsoorten waarvan is bevestigd dat ze in de staat broeden, met nog eens 19 soorten die als mogelijke of waarschijnlijke fokkers zijn vermeld. Het Great Florida Birding Trail, een 2.000 mijl lang (3.200 km) pad, bestaat uit 489 locaties in de hele staat die uitstekende observatieplaatsen zijn.
Sportvissen is ook populair in Florida; er zijn meer dan 250 verschillende vissoorten (waaronder 73 uitheemse soorten) te vinden in Florida. Er zijn meer dan 1000 soorten vis in de kustwateren van Florida.
In 2010 heeft de NOAA, onder verwijzing naar de Magnuson-Stevens Act, het vissen op rode snapper verboden totdat de bevolking de tijd heeft om te herstellen.
De Atlantische kust van Florida is de enige grote koraalriffen op het vasteland van de Verenigde Staten en de op twee na grootste ter wereld. Het gehele rifsysteem in de Florida Keys is onderdeel van het Florida Keys National Marine Sanctuary, en grote delen van het rif zijn beschermd als onderdeel van Biscayne National Park.
In 1977 plaatste de federale regering alligators op de lijst van bedreigde diersoorten. Ze werden in 1987 van de lijst van bedreigde diersoorten verwijderd en in 1988 stond Florida de selectieve jacht toe.
Habitats van vogels en schildpadden
In 1987 was Brevard County, Florida gastheer van het laatste lid van de Dusky Seaside Sparrow, nu uitgestorven. Er zijn slechts twee uitgestorven vogelsoorten sinds het begin van de lijst van bedreigde soorten in 1973. Dit evenement is een uitdaging om ervoor te zorgen dat andere milieuproblemen snel worden aangepakt.
De Florida Scrub Jay wordt al jaren geacht bedreigd te zijn, omdat de soort territoriaal is en zich niet kan verplaatsen naar betere gronden als zijn leefgebied in gevaar is.
Neststranden van de zeeschildpadden zijn beschermd.