Medische microbiologie, ook bekend als '''klinische microbiologie''', is de studie van microben, zoals bacteriën, virussen, schimmels en parasieten, die ziekten bij de mens veroorzaken en hun rol bij de ziekte.

De microben en de tak microbiologie zijn het meest bestudeerd wegens hun groot belang voor de geneeskunde.

De medische microbiologie bestudeert de ontwikkeling en het verloop van de infectieziekte bij de patiënt en in de menselijke populatie (epidemiologie). Zij houdt verband met de studie van de pathologie en immunologie van ziekten. Het is een tak van de geneeskunde en de microbiologie en omvat vijf wetenschappen: bacteriologie, virologie, parasitologie, immunologie en mycologie.