Burgeroorlog
In april 1861 brak de Amerikaanse Burgeroorlog uit. Carson gaf zijn baan als indianenagent op en sloot zich aan bij het leger van de Unie. Hij werd luitenant en leidde de 1st New Mexico Volunteer Infantry. Hij trainde de nieuwe mannen. In oktober 1861 werd hij kolonel. De vrijwilligers vochten in februari 1862 bij Valverde, New Mexico, tegen de geconfedereerde troepen. De Geconfedereerden wonnen die slag, maar werden later verslagen.
Campagne tegen de Apachen
Toen de Confederaties eenmaal uit New Mexico waren verdreven, richtte Carson's commandant, majoor James Henry Carleton, zijn aandacht op de Indianen. De historicus Edwin Sabin schreef dat de officier een "psychopathische haat tegen de Apaches" had. Carleton leidde zijn troepen tot diep in het gebied van de Mescalero Apache. De Mescaleros waren moe van het vechten en stelden zich onder Carson's bescherming. Carleton zette die Apaches in een afgelegen en eenzaam reservaat ten oosten van de Pecos-rivier.
Carson had een hekel aan de Apaches en schreef in een rapport dat de Jicarilla Apaches "werkelijk de meest gedegradeerde en lastige Indianen waren die wij in ons departement hebben..... [We zien ze dagelijks in staat van dronkenschap op ons plein". Carson steunde de plannen van Carleton halfslachtig. Hij was moe en had twee jaar eerder een blessure opgelopen die hem veel last bezorgde. Hij nam in februari 1863 ontslag uit het leger. Carleton weigerde het ontslag te aanvaarden omdat hij wilde dat Carson een campagne tegen de Navajo zou leiden.
Campagne tegen de Navajo's
Carleton had voor zijn reservaat, dat Bosque Redondo (Round Grove) werd genoemd, een gure plek aan de Pecos-rivier gekozen. Hij koos de plek voor de Apaches en de Navajo's omdat deze ver verwijderd was van de blanke nederzettingen. Hij wilde ook dat de Apaches en de Navajo's als buffer zouden fungeren voor eventuele agressie van de Kiowa's en Comanches tegen de blanke nederzettingen ten oosten van Bosque Redondo. Hij dacht ook dat de afgelegen ligging en verlatenheid van het reservaat de vestiging van blanken zou ontmoedigen.
De Mescalero Apaches liepen 130 mijl naar het reservaat. In maart 1863 hadden zich 400 Apachen gevestigd rond het nabijgelegen Fort Sumner. Anderen waren naar het westen gevlucht om zich aan te sluiten bij gevluchte bendes Apachen. Halverwege de zomer waren velen van hen gewassen aan het planten en deden ander landbouwwerk.
Op 7 juli begon Carson, met weinig hart voor de Navajo razzia, de campagne tegen de stam. Zijn orders waren vrijwel dezelfde als die voor de razzia op de Apache: hij moest alle mannen ter plaatse doodschieten en de vrouwen en kinderen gevangen nemen. Er mochten geen vredesverdragen worden gesloten voordat alle Navajo in het reservaat waren.
Carson zocht overal naar de Navajo. Hij vond hun huizen, velden, dieren en boomgaarden, maar de Navajo waren experts in het snel verdwijnen en zich verstoppen in hun uitgestrekte land. De razzia was een grote frustratie voor Carson. Als vijftiger was hij moe en ziek. Tegen de herfst van 1863 begon Carson de huizen en velden van de Navajo in brand te steken en hun dieren uit het gebied te verwijderen. De Navaho zouden verhongeren als de vernielingen doorgingen, en 188 Navajo gaven zich over. Zij werden naar Bosque Redondo gestuurd, waar het leven grimmig was geworden. Er werd gemoord sinds de Apaches en Navajo's vochten. Het water in de Pecos bevatte mineralen die de mensen krampen en buikpijn bezorgden. Bewoners moesten ongeveer twaalf mijl lopen om brandhout te vinden.
Canyon de Chelly
Carson wilde een winterstop nemen van de campagne, maar Carleton weigerde. Kit kreeg het bevel de Canyon de Chelly binnen te vallen. Daar hadden veel Navajo's hun toevlucht gezocht. De historicus David Roberts schreef: "Carson's tocht door de Canyon de Chelly in de winter van 1863-1864 zou de beslissende actie in de Campagne blijken te zijn".
De Canyon de Chelly was een heilige plaats voor de Navajo. In de overtuiging dat het nu hun sterkste toevluchtsoord zou worden, zochten 300 Navajo hun toevlucht op de rand van de canyon op een plaats die Fortress Rock werd genoemd. Ze verzetten zich tegen de invasie van Carson door touwladders en bruggen te bouwen, waterpotten in een beek te laten zakken en uit het zicht te blijven. De 300 Navajo overleefden de invasie. In januari 1864 trok Carson met zijn troepen door de 35 mijl lange Canyon. Hij hakte de duizenden perzikbomen in de Canyon om. Er werden weinig Navajo gedood of gevangen genomen. Carson's invasie bewees de Navajo echter dat blanken op elk moment hun land konden binnenvallen. Veel Navajo gaven zich over in Fort Canby.
In maart 1864 waren er 3.000 vluchtelingen in Fort Canby. Nog eens 5.000 kwamen in het kamp aan. Zij leden onder de intense kou en de honger. Carson vroeg om voorraden om hen te voeden en te kleden. De duizenden Navajo werden naar Bosque Redondo geleid. Velen stierven onderweg, en achterblijvers in de achterhoede werden doodgeschoten. In de geschiedenis van de Navajo staat deze afschuwelijke tocht bekend als de Lange Wandeling. In 1866 bleek uit rapporten dat Bosque Redondo een complete mislukking was, Carleton werd ontslagen en het Congres stelde een onderzoek in. In 1868 werd een verdrag getekend, mochten de Navajo terugkeren naar hun thuisland en werd Bosque Redondo gesloten.
Eerste slag om Adobe Walls
Op 25 november 1864 leidde Carson zijn troepen tegen de zuidwestelijke stammen bij de Eerste Slag van Adobe Walls in de Texas Panhandle. Adobe Walls was een verlaten handelspost die door de inwoners was opgeblazen om een overname door vijandige Indianen te voorkomen. Strijders in de Eerste Slag waren het Amerikaanse leger en massa's Kiowa's, Comanches en Plains Apaches. Het was een van de grootste gevechten op de Grote Vlakten. De Texas State Library and Archives Commission merkte op: "Het resultaat van Adobe Walls was een verpletterende geestelijke nederlaag voor de Indianen. Het zette ook het Amerikaanse leger ertoe aan de laatste acties te ondernemen om de Indianen voor eens en altijd te verpletteren. Binnen een jaar zou de lange oorlog tussen blanken en Indianen in Texas zijn einde naderen."
De slag kwam voort uit de overtuiging van generaal Carleton dat de Indianen verantwoordelijk waren voor de voortdurende aanvallen op blanke kolonisten langs de Santa Fe Trail. Hij wilde de dieven en moordenaars straffen en haalde Carson erbij om de klus te klaren. Omdat het grootste deel van het leger tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog elders was ingezet, was de bescherming die de kolonisten zochten vrijwel onbestaande, en zij smeekten om hulp. Carson leidde 260 cavalerie, 75 infanterie en 72 Ute en Jicarilla Apache verkenners. Bovendien beschikte hij over twee berghouwitserkanonnen.
Op de ochtend van 25 november ontdekte en viel Carson een Kiowa-dorp van 176 lodges aan. Na de vernietiging trok hij verder naar Adobe Walls. Carson vond andere Comanche-dorpen in het gebied en besefte dat hij te maken zou krijgen met een zeer grote troepenmacht van Indianen. Kapitein Pettis schatte dat 1.200 tot 1.400 Comanches en Kiowa zich begonnen te verzamelen. Het aantal zou aanzwellen tot mogelijk 3.000. Er volgde vier tot vijf uur strijd. Toen Carson te weinig munitie en houwitsersgranaten had, gaf hij zijn mannen opdracht zich terug te trekken naar een nabijgelegen Kiowa-dorp, dat ze samen met vele mooie buffelgewaden verbrandden. Zijn Indiaanse verkenners doodden en verminkten vier oudere en zwakke Kiowa's. Daarna begon hun terugtocht naar New Mexico. Er vielen weinig doden onder Carson's mannen. Generaal Carleton schreef aan Carson: "Deze briljante zaak voegt nog een groen blad toe aan de lauwerkrans die u zo nobel hebt gewonnen in dienst van uw land." De slag wordt door sommigen beschouwd als Carson's mooiste moment en wordt beschouwd als een van de factoren die de Kiowa's en de Comanches in 1865 om vrede deden vragen.
"Gooi een paar granaten in die menigte daar."
Kit Carson aan artillerieofficier Lt. Pettis
Sommigen die de slag hebben bestudeerd, geloven dat Carson gelijk had toen hij zijn troepen het bevel gaf zich terug te trekken. Er werd slechts één Comanche scalp gemeld die door Carson's soldaten was meegenomen. De Eerste Slag bij Adobe Walls zou de laatste keer zijn dat de Comanche en de Kiowa de Amerikaanse troepen dwongen zich terug te trekken uit de strijd. Adobe Walls betekende het begin van het einde van de stammen op de Vlakten en hun manier van leven.
Een decennium later werd op 27 juni 1874 de Tweede Slag om Adobe Walls uitgevochten tussen 250 tot 700 Comanches en een groep van 28 jagers die Adobe Walls verdedigden. Na een beleg van vier dagen trokken de honderden Indianen zich terug. De Tweede Slag leidde tot de Red River War van 1874-1875, die resulteerde in de definitieve verhuizing van de Indianen van de Zuidelijke Vlakten naar reservaten in Oklahoma.