Vroeg bewind
Willem koos ervoor om met Kerstmis gekroond te worden. Deels omdat hij dacht dat de Engelsen op deze hoge feestdag minder snel in opstand zouden komen. Het was ook een goede keuze omdat hij geloofde dat het Gods wil was dat hij koning zou worden. Nu hij koning was, verbleef Willem een paar maanden in Engeland. Daarna keerde hij terug naar Normandië en liet Engeland achter in de handen van twee capabele mannen. Dit waren zijn halfbroer Odo, de bisschop van Bayeux en William FitzOsbern. Odo werd graaf van Kent, terwijl FitzOsbern graaf van Hereford werd. De overige drie Engelse graven werden op hun plaats gelaten. Toen Willem terug zeilde naar Normandië waren veel van zijn volgelingen bij hem. Veel van zijn soldaten die betaald waren en anderen die hij in het oog wilde houden. In het bijzonder waren dat de Engelse aartsbisschop Stigand en Edgar Atheling. Hij bracht ook zijn overgebleven drie Engelse graven mee, Edwin, Morcar en Waltheof. Dit was zodat geen van hen een opstand kon beginnen terwijl hij weg was. Willem had zijn plichten thuis te vervullen. Ook veel van zijn soldaten moesten terugkomen om het hertogdom veilig te houden.
Toen Willem in december 1067 naar Londen terugkeerde, begon hij uit te zoeken welke problemen zich hadden voorgedaan terwijl hij weg was. Hertfordshire was overvallen door Mercians. En Exeter had de heerschappij van de nieuwe koning niet aanvaard. Willem zamelde geld in bij alle delen van Engeland die wilden betalen. Hij riep ook Engelse heffingen op. Exeter gaf zich over nadat een van zijn gijzelaars verblind was. Nadat hij Devon en Cornwall had onderworpen, leek alles rustig. In Winchester liet Willem zijn vrouw Matilda halen, die daar met Pinksteren tot koningin van Engeland werd gekroond.
Tegen de zomer waren er meer opstanden uitgebroken. Tegelijkertijd ontvluchtten anderen Engeland. Edgar Atheling vertrok samen met zijn moeder en zusters naar Schotland, waar ze werden opgevangen. In het noorden verzamelden zich sterke anti-Normandische groepen rond York. Graaf Edwin en zijn broer Morcar verlieten Willems hof om zich bij de rebellen in het noorden aan te sluiten. Willem bouwde toen een kasteel in Warwick. Dit zorgde ervoor dat de graven en anderen zich aan Willem overgaven. Andere kastelen volgden. Daarna trok Willem York binnen, waar anderen naar hem toe kwamen en zich aan hem overgaven. Daarna onderhandelde hij met de koning van Schotland om invallen van Engeland vanuit het noorden te voorkomen. Maar zijn campagne in het noorden was niet zo effectief als hij dacht. In 1069 groeide een tweede opstand uit tot een oorlog. De mannen die Willem nog aan het hoofd had, waren gedood. Een kleine Noormannenmacht hield stand in York toen Willem hen te hulp schoot. Na de bouw van een ander kasteel liet Willem graaf William FitzOsbern de leiding nemen. De volgende vijf maanden was het rustig in het noorden. Maar de Noord-Engelse leiders hadden een bericht gestuurd naar koning Swein in Denemarken waarin hij hem de kroon aanbood als hij de Noormannen kon verslaan. Swein stuurde een Deense vloot naar Engeland.
In de zomer van 1069 verscheen de Deense vloot voor de kust van Kent. De vloot trok op langs de kust naar het noorden en pleegde plunderingen. Willem en zijn leger hielden in het zuiden de wacht tegen eventuele invallen. Uiteindelijk voegde de vloot zich bij de Engelse rebellen aan de oevers van de rivier de Humber. De overgebleven Engelse graven lieten Willem in de steek en sloten zich aan bij de gecombineerde Engels-Deense troepen. Zij trokken op tegen het Normandische garnizoen van York en doodden allen, op een paar vrouwen en kinderen na. William Malet, een Normandiër die vóór 1066 in Engeland had gewoond, werd ook gespaard.
Harrying van het noorden
Willems noordelijke leger werd weggevaagd en York lag in puin. Tegelijkertijd braken er kleinere opstanden uit in Wales en Zuidwest-Engeland. Willem wist dat hij in de problemen zat. Hij begon al zijn commandanten en troepen op te roepen om zijn krachten te bundelen. De koning wist dat hij met een kleiner leger maar één groep rebellen tegelijk moest aanpakken. Hij stuurde William FitzOsbern en Brian van Bretagne om met Exeter af te rekenen. Willem zelf vocht tegen een leger dat vanuit het oosten oprukte. In beide gevallen wonnen de Normandische legers. Hij trok nu op tegen de noordelijke legers die York hadden verwoest. Maar hij kon niet verder noordwaarts komen dan Pontefract. Na enkele weken proberen kocht Willem de Deense vloot om om zich voor de winter uit York terug te trekken. Zij stemden toe en keerden terug naar de monding van de Humber om daar te overwinteren. Willem kon nu optrekken naar York. Hij herbouwde de kastelen daar. Daarna liet hij zijn troepen uitrukken en alles vernietigen wat nuttig was voor het Engelse en Deense leger om zich te voeden. Het gevolg was een wijdverbreide hongersnood en de mensen in het gebied trokken weg of stierven van de honger. Dit was de beruchte bestorming van het noorden door Willem. Het resultaat van dit alles was de overgave van zijn Engelse graven en van de meeste opstandelingen in Engeland. De paar overgebleven groepen werden snel verpletterd door Willems leger. Maar één groep bleek hardnekkiger. Deze was bij Chester en na een geforceerde mars tijdens de winter verraste Willem hen voordat ze klaar waren. Na hun overgave bouwde hij daar nog twee kastelen en keerde toen terug naar Winchester.
Heersend over Engeland en Normandië
Willem hoefde nooit meer een graafschap te verwoesten zoals hij in Yorkshire had gedaan. Hij had afgerekend met de belangrijkste bedreigingen voor zijn heerschappij, maar sommige waren slechts ten dele opgelost. De Deense vloot kwam in 1070 terug, dit keer onder leiding van koning Swen. Zij sloten zich aan bij een kleine groep rebellen op het eiland Ely onder leiding van Hereward de Wake. Opnieuw kocht Willem de Denen om te vertrekken en rekende vervolgens af met de rebellen. Van Hereward werd nooit meer iets vernomen.
Willem moest nu zowel over Engeland als Normandië regeren. Hij vond dat hij aanwezig moest zijn om alles onder controle te houden. Als hij in Normandië was braken er vaak problemen uit in Engeland. Maar als hij in Engeland was, werd Normandië geregeerd door zijn vrouw Matilda. Maar Fulk Rechin, de nieuwe graaf van Anjou, had Maine aan Willems controle onttrokken. Willem moest het in 1073 terugnemen.
In 1082 arresteerde Willem zijn halfbroer Odo, bisschop van Bayeux en graaf van Kent. De redenen zijn niet zeker, maar Odo probeerde een leger op de been te brengen om naar Rome op te trekken. Zijn plan was om de volgende paus te worden. Willem berechtte hem op het Isle of Wight. Naast andere misdaden probeerde hij een leger op te zetten onder Willems soldaten. Zoals Willem al zei, ze waren nodig voor de verdediging van Engeland. Odo protesteerde dat zelfs een koning hem niet kon veroordelen. Als bisschop kon alleen de paus dat. Willem antwoordde dat hij geen bisschop aangreep, maar zijn graaf, die hij tijdens zijn afwezigheid de leiding had gegeven. Odo werd voor de rest van zijn leven gevangen gezet in Normandië.
In 1083 stierf koningin Matilda en werd begraven in Caen. De twee waren erg close geweest en hadden alleen onenigheid over hun zoon Robert Curthose. Robert was herhaaldelijk in opstand gekomen tegen zijn vader, maar bleef contact houden met zijn moeder. Dit veroorzaakte een breuk tussen hen. Filips I van Frankrijk vond het moeilijk voor zijn vazal om koning te worden zoals hijzelf en nam het Willem kwalijk. Niet sterk genoeg om zelf tegen Willem te vechten, toen Robert Curthose tegen zijn vader in opstand kwam, hielp koning Filips hem.
In de zomer van 1085 vernam Willem dat Canute IV van Denemarken een vloot klaarmaakte om tegen Engeland uit te varen. Willem kwam in de herfst terug naar Engeland met veel soldaten. Hij moest ze betalen en voeden, tegen hoge kosten. Misschien besefte hij toen dat hij geen administratie had van wat hem als koning verschuldigd was. Hij wist niet of hij alle belastingen inde die hem verschuldigd waren.
Domesday Book
Op zijn kersthof te Gloucester in 1085 vroeg Willem om een groot onderzoek in elk deel van Engeland. De koning wilde weten hoeveel mensen er in zijn [koninkrijk|[rijk]] woonden. Hij wilde de grootte van elk bezit weten, wat elk waard was, en hoeveel inkomsten het opbracht. Een dergelijk onderzoek was nog nooit eerder in Engeland gedaan. Het was uniek in zijn details en zijn bijdrage aan de Engelse geschiedenis. Het Domesday Book was het eerste openbare verslag in Engeland.
De tekst van het boek paste in twee delen. Het eerste besloeg eenendertig graafschappen. Het werd "Great Domesday" genoemd vanwege zijn omvang. Het tweede deel besloeg de graafschappen Essex, Norfolk en Suffolk en werd "Little Domesday" genoemd. De feiten werden opgetekend door verschillende panels die bestonden uit bisschoppen en graven. Elk panel verzamelde informatie over verschillende graafschappen. Willem kreeg op 1 augustus 1086 een grote verzameling geschreven documenten overhandigd. Dit werd het Domesday Book, hoewel het nog bijna een eeuw zou duren voordat het in boeken werd vastgelegd.
Laatste jaren
William stierf toen hij in Rouen, Frankrijk was aan verwondingen die hij had opgelopen door van een paard te vallen dat hij bezat.