BC tot 17e eeuw
De geschiedenis van Rabat begon met een nederzetting, Chellah genaamd, aan de oevers van de Oued Bou Regreg in de derde eeuw voor Christus. In 40 na Christus namen de Romeinen Chellah over en veranderden het in de Romeinse nederzetting Sala Colonia. Rome hield de kolonie tot 250 na Christus. Zij gaven het over aan lokale heersers. In 1146 veranderde de berberse Almohad-heerser Abd al-Mu'min de ribat van Rabat in een volledig fort. Het werd gebruikt als uitgangspunt voor aanvallen op Spanje. Vanwege het militaire belang kreeg Rabat in 1170 de titel Ribatu l-Fath, wat "bolwerk van de overwinning" betekent, waaraan het zijn huidige naam ontleent.
Yaqub al-Mansur (in Marokko bekend als Moulay Yacoub), een andere kalief van de Almohaden, verplaatste de hoofdstad van zijn rijk naar Rabat. Hij bouwde de stadsmuren van Rabat, de Kasbah van de Udayas en begon met de bouw van wat 's werelds grootste moskee zou zijn geweest. Yaqub stierf echter en de bouw stopte. De ruïnes van de onvoltooide moskee en de Hassan-toren staan er nog steeds.
De dood van Yaqub betekende aanvankelijk een periode van verval. Het Almohad-rijk verloor de controle over zijn land in Spanje en een groot deel van zijn Afrikaanse grondgebied. Uiteindelijk leidde dit tot de totale ineenstorting. In de 13e eeuw verschoof een groot deel van de economische macht van Rabat naar Fez. In 1515 meldde een Moorse ontdekkingsreiziger, El Wassan, dat Rabat zo in verval was geraakt dat er nog maar 100 huizen over waren met mensen erin. Een toename van Moriscos, die uit Spanje waren verwijderd, in het begin van de 17e eeuw hielp de groei van Rabat te stimuleren.
Corsaire republieken
Rabat en het naburige Salé verenigden zich in 1627 tot de Republiek Bou Regreg. De republiek werd bestuurd door Barbarijse piraten die de twee steden gebruikten als basishavens om aanvallen uit te voeren op de scheepvaart. De piraten hoefden niet te vechten met een centraal gezag totdat de Alaouitische dynastie Marokko in 1666 verenigde. Zij probeerden de piraten onder controle te krijgen, maar dat mislukte. Europese en islamitische autoriteiten bleven jarenlang proberen de piraten onder controle te krijgen. De Republiek Bou Regreg viel pas in 1818 uiteen. Zelfs na de val van de republiek bleven de piraten de haven van Rabat gebruiken. Dit leidde tot de aanval op de stad door Oostenrijk in 1829, nadat een Oostenrijks schip verloren was gegaan door een aanval van piraten.
20e eeuw
Franse invasie
De Fransen vielen Marokko in 1912 binnen en vestigden er een protectoraat. De Franse bestuurder van Marokko, generaal Hubert Lyautey, besloot de hoofdstad van het land te verplaatsen van Fez naar Rabat. Onder andere de burgers hadden van Fez een onstabiele plaats gemaakt vanwege hun wens om in opstand te komen. Sultan Moulay Youssef volgde de beslissing van de Fransen en verhuisde zijn huis naar Rabat. In 1913 nam Gen. Lyautey Henri Prost in dienst, die de Ville Nouvelle (de moderne wijk van Rabat) ontwierp als administratieve sector. Toen Marokko in 1956 onafhankelijk werd, koos Mohammed V, de toenmalige koning van Marokko, ervoor om de hoofdstad in Rabat te laten blijven.
Na de Tweede Wereldoorlog
Na de Tweede Wereldoorlog creëerden de Verenigde Staten een militaire aanwezigheid in Rabat op de voormalige Franse luchtmachtbasis. Aan het begin van de jaren 1950 was Rabat Salé Air Base een Amerikaanse luchtmachtbasis met de 17th Air Force en de 5th Air Division. Deze divisies hielden toezicht op de voorwaartse bases voor B-47 Stratojet-vliegtuigen van het Strategic Air Command (SAC) in het land. Met de destabilisatie van de Franse regering in Marokko en de Marokkaanse onafhankelijkheid in 1956, wilde de regering van Mohammed V dat de Amerikaanse luchtmacht zich terugtrok uit de SAC-bases in Marokko. Hij drong hierop aan nadat de Amerikanen in 1958 betrokken raakten bij Libanon. De Verenigde Staten stemden ermee in om vanaf december 1959 te vertrekken. In 1963 waren ze volledig uit Marokko vertrokken. SAC vond dat de Marokkaanse bases veel minder kritiek waren met de langeafstandscapaciteit van de B-52 Stratofortresses die de B-47's vervingen. Het had in 1959 ook USAF-bases in Spanje voltooid.
Toen de USAF in de jaren 1960 Rabat-Salé verliet, werd de faciliteit een primaire faciliteit voor de Koninklijke Marokkaanse Luchtmacht, bekend als luchtmachtbasis nr. 1, een status die zij nog steeds heeft.