In een moskee moeten de mensen gericht blijven op het aanbidden van Allah. Daarom zijn er een aantal regels over het juiste gedrag in een moskee. Sommige van deze regels zijn overal ter wereld hetzelfde, zoals dat men in de gebedsruimte geen schoenen mag dragen. Andere regels verschillen van moskee tot moskee.
Gebedsleider
Het wordt over het algemeen als goed beschouwd om iemand te hebben die het gebed leidt, hoewel dit niet strikt noodzakelijk is. De persoon die gewoonlijk het gebed leidt, wordt imam genoemd. Hij moet een vrij en eerlijk man zijn. Hij moet ook een autoriteit zijn als het gaat om het beantwoorden van vragen over de godsdienst. In moskeeën die door de overheid zijn gebouwd of worden onderhouden, wordt de imam gekozen door de heerser. In particuliere moskeeën kiest de gemeenschap de imam, door middel van een meerderheid van stemmen.
Alleen mannen mogen gebeden leiden voor mannen. Vrouwen mogen het gebed leiden voor gemeenten waar alleen vrouwen zijn.
Een moskee bezoeken
Naast het wassen zijn er nog andere regels die ook gelden voor degenen die de moskee betreden, zelfs als zij er niet willen bidden. Het is verboden schoenen te dragen in het gedeelte van de gebedsruimte met tapijt. Sommige moskeeën staan ook het dragen van schoenen in andere delen niet toe, ook al zijn deze niet bestemd voor het gebed.
De Islam vereist dat haar gelovigen kleding dragen die bescheidenheid toont. Daarom moeten zowel mannen als vrouwen zich aan deze regel houden wanneer zij een moskee bezoeken (hoewel moskeeën de regels niet altijd handhaven). Mannen worden geacht naar de moskee te komen in losse en schone kleding die de vorm van het lichaam niet laat zien. Evenzo worden vrouwen die naar de moskee komen geacht losse kleding te dragen, shirts, broeken die de polsen en enkels bedekken en hun hoofd te bedekken, zoals met een hijab. Veel moslims, ongeacht hun etnische achtergrond, dragen voor speciale gelegenheden en gebeden in moskeeën kleding uit het Midden-Oosten die geassocieerd wordt met de Arabische islam.
Moskeeën zijn gebedshuizen. Daarom moeten degenen die zich in de moskee bevinden respectvol omgaan met degenen die aan het bidden zijn. Luid praten of discussiëren over onderwerpen die respectloos zouden kunnen zijn, is verboden in gebieden waar mensen aan het bidden zijn. Het wordt ook als onbeleefd beschouwd om voor moslims in gebed te lopen of hen anderszins te storen.
Mannen en vrouwen bidden in verschillende delen
De islamitische wet vereist dat mannen en vrouwen gescheiden zijn in de gebedsruimte. Idealiter bidden vrouwen achter de mannen. De tweede kalief Umar weerhield vrouwen er ooit van om moskeeën te bezoeken, vooral 's nachts, omdat hij vreesde dat zij door mannen geplaagd zouden worden, dus liet hij hen thuis bidden. Soms werd een speciaal deel van de moskee afgezet voor vrouwen; zo liet de gouverneur van Mekka in 870 touwen spannen tussen de zuilen om een aparte plaats voor vrouwen te maken.
Veel moskeeën plaatsen tegenwoordig de vrouwen achter een afscheiding of in een andere ruimte. Moskeeën in Zuid- en Zuidoost-Azië plaatsen mannen en vrouwen in aparte ruimtes, omdat de afscheidingen er eeuwen geleden in werden gebouwd. In bijna tweederde van de Amerikaanse moskeeën bidden vrouwen achter schotten of in aparte ruimtes, niet in de hoofdgebedsruimte; sommige moskeeën laten helemaal geen vrouwen toe. Hoewel er alleen afdelingen zijn voor vrouwen en kinderen, is de Grote Moskee in Mekka niet gescheiden.
Niet-moslims in moskeeën
Enkele islamitische rechtsgeleerden zijn van mening dat niet-moslims in moskeeën mogen worden toegelaten, zolang zij er niet slapen of eten. Aanhangers van de Maliki-school van de islamitische jurisprudentie zijn het daar niet mee eens. Zij zeggen dat niet-moslims helemaal niet in moskeeën mogen komen.
Verschillende landen verschillen van mening over deze kwestie. Bijna alle moskeeën op het Arabisch schiereiland en in Marokko laten geen niet-moslims toe. De Hassan II-moskee in Casablanca is een van de slechts twee moskeeën in Marokko die momenteel openstaan voor niet-moslims.
In het hedendaagse Saoedi-Arabië zijn de Grote Moskee en heel Mekka alleen toegankelijk voor moslims. Ook de Masjid al-Nabawi en de omliggende stad Medina zijn verboden terrein voor niet-islamieten. Voor moskeeën in andere gebieden wordt meestal aangenomen dat niet-moslims alleen moskeeën mogen betreden als zij daarvoor toestemming krijgen van moslims en als zij een goede reden hebben.
In het moderne Turkije mogen niet-islamitische toeristen elke moskee binnengaan, maar zij moeten zich houden aan de regels van fatsoen. Het bezoeken van een moskee is alleen toegestaan tussen de gebeden door; bezoekers moeten een lange broek dragen en hun schoenen uittrekken; vrouwen moeten hun hoofd bedekken; er mogen geen foto's worden gemaakt; luid praten is niet toegestaan. Verwijzingen naar andere religies zijn niet toegestaan (geen kruizen aan kettingen, geen kruisgebaren enz.).
Er zijn echter ook veel andere plaatsen in het westen en in de islamitische wereld waar niet-moslims welkom zijn in moskeeën. De meeste moskeeën in de Verenigde Staten, bijvoorbeeld, melden elke maand niet-moslim bezoekers te ontvangen. Veel moskeeën in de Verenigde Staten verwelkomen niet-moslims als een teken van openheid naar de rest van de gemeenschap en om bekeringen tot de islam aan te moedigen.
Honden
Honden zijn gewoonlijk verboden in moskeeën, maar op 24 september 2008 deed de Muslim Law Council UK een speciale uitspraak, een zogenaamde fatwa, die een blinde moslim toestemming gaf zijn geleidehond mee te nemen in de moskee.