Höss werd geboren in Baden-Baden, Duitsland, op 25 november 1900. Zijn ouders waren Franz Xaver Höss en Lina Höss. Hij was de oudste van drie kinderen en de enige zoon. Het gezin van Höss was zeer katholiek.
In zijn autobiografie vertelde Höss dat hij als kind korte tijd door zigeuners was ontvoerd.
Höss' vader was een voormalige Duitse legerofficier die had gediend in Duits Oost-Afrika (een Duitse kolonie die het huidige Burundi, Rwanda en een deel van Tanzania omvatte). Na zijn vertrek uit het leger runde hij een thee- en koffiebedrijf. Hij voedde zijn zoon op vanuit een streng katholiek geloof en met militaire discipline. Hij had besloten dat Höss katholiek priester zou worden. Tijdens Höss' vroege jeugd werd hem voortdurend verteld over zonde, schuld en de noodzaak om boete te doen.
Höss begon zich als jonge tiener tegen het geloof te keren. Dit gebeurde nadat hij een priester de biecht had afgenomen (hij vertelde de priester wat hij verkeerd had gedaan). In het katholicisme wordt het "zegel van de biechtstoel" verondersteld onbreekbaar te zijn. Dit betekent dat een priester nooit iemand mag vertellen wat iemand in een biecht heeft gezegd. Höss zei dat hij een hekel begon te krijgen aan religie toen de priester Höss' vader vertelde over iets wat Höss in een biecht had gezegd. Kort daarna stierf Höss' vader, en Höss begon een militair leven te leiden.
Toen de Eerste Wereldoorlog uitbrak, diende Höss korte tijd in een militair hospitaal. Toen hij 14 was, mocht hij zich aansluiten bij het oude regiment van zijn vader en grootvader, het 21e Regiment Dragonders van het Duitse leger. Op 15-jarige leeftijd vocht hij met het Ottomaanse Zesde Leger in Bagdad, bij Kut-el-Amara en in Palestina. Tijdens zijn verblijf in Turkije bereikte hij de rang van Feldwebel (sergeant). Op 17-jarige leeftijd was hij de jongste onderofficier in het Duitse leger. In het leger raakte hij drie keer gewond en kreeg hij malaria. Hij kreeg de Gallipoli-ster van het Ottomaanse Rijk, het IJzeren Kruis eerste en tweede klasse en andere onderscheidingen.
Nazi-carrière
Na de capitulatie van Duitsland in november 1918 maakte Höss zijn middelbare school af. Al snel sloot hij zich aan bij de nationalistische paramilitaire groepen die zich aan het vormen waren. Eerst sloot hij zich aan bij het Oost-Pruisische Vrijwilligerskorps. Daarna sloot hij zich aan bij het Freikorps Rossbach in de landen rond de Oostzee, Silezië en het Ruhrgebied. Höss nam deel aan de gewapende terreuraanslagen op Polen tijdens de Silezische opstanden (toen het Poolse volk zich probeerde te ontworstelen aan de Duitse overheersing). Hij nam ook deel aan terreuraanslagen op Fransen tijdens de bezetting van het Ruhrgebied (toen het Ruhrgebied in Duitsland werd bezet door Frankrijk en België).
Höss sloot zich in 1922 aan bij de nazipartij nadat hij de toespraak van Adolf Hitler in München had gehoord. Höss leidde minstens één politieke moord en bracht daarvoor zes jaar in de gevangenis door.
Op 31 mei 1923 sloegen Höss en leden van het Freikorps (Duitse vrijwillige soldaten) in Mecklenburg, Duitsland, een plaatselijke onderwijzer genaamd Walther Kadow dood. Ze deden dit omdat Martin Bormann dat wilde. Bormann werd later Hitlers privésecretaris. Bormann dacht dat Kadow de Franse bezettingsregering had verteld dat nazi-soldaat Albert Leo Schlageter de Franse bevoorradingslijnen saboteerde. Schlageter werd gearresteerd en op 26 mei 1923 geëxecuteerd. Kort daarna vermoordden Höss en enkele handlangers, waaronder Bormann, Kadow uit wraak. Nadat een van de moordenaars tegenover een plaatselijke krant had bekend, werd Höss in 1923 gearresteerd en berecht als de leider van de moord. Höss zei later dat een andere man eigenlijk de leiding had, maar destijds nam Höss de schuld op zich als leider van de groep. Hij werd veroordeeld en veroordeeld (op 15 of 17 mei 1924). Hij werd veroordeeld tot 10 jaar gevangenisstraf in Brandenburg. Bormann werd veroordeeld tot één jaar gevangenisstraf.
Höss werd in juli 1928 vrijgelaten in het kader van een algemene amnestie. Hij sloot zich aan bij de Völkische beweging ("Artaman League"), een nationalistische "terug-naar-het-land"-beweging die een schoon leven op de boerderij voorstond.
Op 17 augustus 1929 trouwde Höss met Hedwig Hensel (3 maart 1908 - 1989), die hij leerde kennen in de Artaman League. Tussen 1930 en 1943 kregen zij vijf kinderen: twee zonen (Klaus en Hans-Rudolf) en drie dochters (Ingebrigitt, Heidetraut en Annegret).
Aansluiting bij de SS
Höss werd lid van de SS op 1 april 1934, toen Heinrich Himmler alle nazi-mannen aanmoedigde om lid te worden van de SS. Höss sloot zich in hetzelfde jaar aan bij de SS-Totenkopfverbände (Dodenkop-eenheden). Hij bewonderde Himmler zozeer dat hij alles wat Himmler zei als "evangelie" beschouwde. Hij hing zelfs liever een foto van Himmler in zijn kantoor dan die van Hitler.
Höss werd in december 1934 toegewezen aan het concentratiekamp Dachau. Daar bekleedde hij de functie van Blockführer ("Blokleider"), wat betekende dat hij de leiding had over één barak met gevangenen. In 1938 werd Höss bevorderd tot SS-Hauptsturmführer (kapitein), en werd hij assistent van Hermann Baranowski in het concentratiekamp Sachsenhausen.
Höss sloot zich in 1939 aan bij de Waffen-SS nadat nazi-Duitsland Polen was binnengevallen. Höss was goed in zijn werk en zijn bazen stelden voor hem te bevorderen (een betere baan te geven). Tegen het einde van zijn diensttijd was Höss verantwoordelijk voor de bezittingen van gevangenen.
Auschwitz commando
Op 1 mei 1940 werd Höss benoemd tot commandant van Auschwitz, een combinatie van concentratie- en vernietigingskampen. Höss voerde drieënhalf jaar lang het bevel over het kamp. In die tijd veranderde hij het oorspronkelijke kamp in een enorm complex (groep kampen) dat Auschwitz-Birkenau heette. Höss ging naar Auschwitz, vastbesloten "de dingen anders te doen" en een efficiënter kamp te ontwikkelen dan de kampen in Dachau en Sachsenhausen waar hij eerder had gewerkt. Höss woonde in Auschwitz in een villa met zijn vrouw en vijf kinderen.
De eerste gevangenen in Auschwitz waren Sovjet-krijgsgevangenen en Poolse gevangenen, waaronder boeren en intellectuelen. Ongeveer 700 van deze gevangenen kwamen in juni 1940 in Auschwitz aan; de nazi-bewakers vertelden hen dat ze niet langer dan 3 maanden zouden overleven.
Op zijn grootst bestond Auschwitz uit drie grote kampen:
- Auschwitz I: Het administratieve centrum voor het hele complex
- Auschwitz II (Auschwitz-Birkenau): Het vernietigingskamp, waar mensen naartoe werden gestuurd om direct vermoord te worden.
- Auschwitz III (Monowitz): Het dwangarbeiderskamp, waar gevangenen werden gedwongen tot slavenarbeid voor I.G. Farben, en later andere Duitse bedrijven.
Er waren ook veel kleinere "subkampen" in de buurt. Het Auschwitz-complex werd gebouwd op ongeveer 8.000 hectare die ontdaan was van iedereen die er woonde.
In juni 1941 had Höss in Berlijn een ontmoeting met SS-commandant Heinrich Himmler. Himmler vertelde Höss dat Hitler het bevel had gegeven voor de Endlösung - het doden van het hele Joodse volk. Himmler had Auschwitz gekozen als de plaats waar de Europese Joden zouden worden uitgeroeid. Hij koos Auschwitz "[vanwege] de gemakkelijke bereikbaarheid per spoor [trein] en ook omdat het uitgestrekte terrein ruimte bood voor maatregelen die isolatie garandeerden." Dit betekende dat Auschwitz groot genoeg was om de genocide op de Joden geheim te houden. Himmler beschreef het project als een "geheime rijksaangelegenheid". Höss zei later dat "niemand met wie dan ook over deze zaken mocht spreken en dat iedereen op zijn leven beloofde de grootst mogelijke geheimhouding in acht te nemen."
Höss begon op 3 september 1941 met het testen en perfectioneren van massamoordtechnieken. Zijn experimenten maakten van Auschwitz het kamp dat tijdens de Holocaust de meeste gevangenen zou doden. Höss zei later dat op een gewone dag in Auschwitz dagelijks twee tot drie treinen met elk 2.000 gevangenen arriveerden, gedurende vier tot zes weken. De gevangenen werden uitgeladen in het vernietigingskamp Birkenau. Gevangenen die sterk en gezond waren en konden werken, werden naar barakken in Birkenau of een van de andere Auschwitz-kampen gebracht. Oudere, zeer jonge, zieke of niet tot dwangarbeid in staat zijnde gevangenen werden gedood in gaskamers, die vermomd waren als douches. Aanvankelijk lagen kleine gaskamers diep in het bos, om ze geheim te houden. Later werden in Birkenau vier grote gaskamers en crematoria gebouwd om het de nazi's gemakkelijker te maken meer mensen sneller te doden.
Technisch [was] het niet zo moeilijk - het zou niet moeilijk zijn geweest om nog grotere aantallen uit te roeien.... Het doden zelf nam de minste tijd in beslag. Je kon je in een half uur ontdoen van 2.000 [mensen], maar het was het verbranden dat alle tijd in beslag nam. Het doden was gemakkelijk; je had niet eens bewakers nodig om ze de kamers in te drijven; ze gingen gewoon naar binnen in de verwachting een douche te nemen en in plaats van water zetten we gifgas in. Het ging allemaal heel snel.
Höss experimenteerde met verschillende gifgassen. Eerst gebruikte hij katoenen filters gedrenkt in zwavelzuur. Later begon Höss waterstofcyanide (blauwzuur) te gebruiken, gemaakt van het pesticide Zyklon B, nadat zijn plaatsvervanger Karl Fritzsch het in 1941 had getest op een groep Russische gevangenen. Höss zei dat wanneer hij Zyklon B gebruikte, het 3-15 minuten duurde voordat de gevangenen stierven, en dat "we wisten wanneer de mensen dood waren omdat ze ophielden met schreeuwen".
Op 10 november 1943 werd Arthur Liebehenschel commandant in Auschwitz. Höss nam Liebehenschels laatste baan over als voorzitter van Amt D I in Amtsgruppe D van het SS-Wirtschafts-Verwaltungshauptamt (WVHA), dat de concentratiekampen beheerde. Höss werd ook de plaatsvervanger (assistent) van Richard Glücks, de inspecteur van alle concentratiekampen.
Op 8 mei 1944 keerde Höss terug naar Auschwitz om toezicht te houden op operatie Aktion Höss. Bij Aktion Höss werden 430.000 Hongaarse Joden naar Auschwitz gestuurd en in 56 dagen vermoord. Zelfs de enorme faciliteit die Höss had gebouwd, kon het enorme aantal lijken van de slachtoffers niet aan. De kampstaf moest duizenden lichamen verbranden in open vuurkuilen.