Een massaspectrometer wordt meestal op twee manieren gebruikt: Full Scan of Selective Ion Monitoring (SIM). De typische GC-MS kan in beide richtingen werken, of beide tegelijk.
Volledige scan MS
Bij het verzamelen van gegevens in de volledige scanmodus wordt een doelbereik van massafragmenten geselecteerd en in de methode van het instrument gezet. Een voorbeeld van een typisch breed bereik van massafragmenten om te monitoren is m/z 50 tot m/z 400. De bepaling van het te gebruiken bereik wordt grotendeels bepaald door wat men in het monster verwacht, terwijl men zich bewust is van het oplosmiddel en andere mogelijke interferenties. Als een MS op zoek gaat naar massafragmenten met een zeer lage m/z, kan hij lucht of andere mogelijke storende factoren detecteren. Het gebruik van een groot scanbereik vermindert de gevoeligheid van het instrument. Het apparaat zal minder scans per seconde uitvoeren omdat elke scan meer tijd vergt om een groter bereik aan massafragmenten te detecteren.
Een volledige scan is nuttig bij het bepalen van onbekende verbindingen in een monster. Het geeft meer informatie dan SIM als het gaat om het bevestigen of oplossen van verbindingen in een monster. De meeste instrumenten worden bestuurd door een computer die een computerprogramma aanstuurt dat een "instrumentmethode" wordt genoemd. De instrumentmethode regelt de temperatuur in de GC, de scansnelheid van de MS en het bereik van de gedetecteerde fragmenten. Wanneer een chemicus een instrumentmethode ontwikkelt, stuurt de chemicus testoplossingen door de GS-MS in de volledige scanmodus. Dit controleert de GC-retentietijd en de massafragmentatie vingerafdruk alvorens over te gaan naar een SIM-instrumentenmethode. Gespecialiseerde GC-MS instrumenten, zoals explosiedetectoren, hebben in de fabriek een instrumentmethode voorgeïnstalleerd.
Geselecteerde ionenbewaking
Bij geselecteerde ionenmonitoring (SIM) richt de instrumentmethode zich op bepaalde ionenfragmenten. Alleen die massafragmenten worden door de massaspectrometer gedetecteerd. De voordelen van SIM zijn dat de detectielimiet lager is omdat het instrument slechts naar een klein aantal fragmenten (bijvoorbeeld drie fragmenten) kijkt tijdens elke scan. Er kunnen meer scans per seconde plaatsvinden. Omdat er slechts een paar massafragmenten van belang worden gemonitord, zijn de matrixinterferenties doorgaans lager. Om de kans op het correct aflezen van een positief resultaat te vergroten, zijn de ionratio's van de verschillende massafragmenten vergelijkbaar met een bekende referentiestandaard.
Soorten ionisatie
Nadat de moleculen de lengte van de kolom hebben afgelegd, door de transferlijn zijn gegaan en in de massaspectrometer zijn gekomen, worden ze op verschillende manieren geïoniseerd. Meestal wordt slechts één ionisatiemethode gebruikt op een bepaald moment. Als het monster eenmaal gefragmenteerd is, wordt het gedetecteerd, meestal door een elektronenmultiplicatordiode. De diode behandelt het geïoniseerde massafragment als een elektrisch signaal dat vervolgens wordt gedetecteerd.
Scheikundigen kiezen een ionisatietechniek los van de keuze voor Full Scan of SIM-monitoring.
Elektronenionisatie
De meest voorkomende vorm van ionisatie is elektronenionisatie (EI). De moleculen komen in de MS (de bron is een quadrupool of de ionenval zelf in een ionenval MS) waar ze worden geraakt met vrije elektronen die worden uitgezonden door een gloeidraad. Dit is zoals de gloeidraad die men zou vinden in een standaard gloeilamp. De elektronen raken de moleculen, waardoor het molecuul op een karakteristieke manier versplintert, die zich kan herhalen. Deze "harde ionisatie" techniek resulteert in de creatie van meer fragmenten van lage massa/ladingsverhouding (m/z). EI heeft weinig of geen fragmenten met een massa die dicht bij de massa van het oorspronkelijke molecuul ligt. Scheikundigen beschouwen harde ionisatie als het afschieten van elektronen in de monstermoleculen. In tegenstelling, "zachte ionisatie" is het plaatsen van een lading op het monstermolecuul door het te raken met een ingebracht gas. Het moleculaire fragmentatiepatroon hangt af van de elektronenenergie die op het systeem wordt toegepast, meestal 70 eV (elektronvolt). Het gebruik van 70 eV helpt bij het vergelijken van de spectra die worden gegenereerd uit het testmonster met bekende bibliotheekspectra. (De bibliotheekspectra kunnen afkomstig zijn van door de fabrikant geleverde software of software die is ontwikkeld door het National Institute of Standards (NIST-USA)). De software zoekt de bibliotheekspectra met behulp van een matching-algoritme zoals Probability Based Matching of dot-productmatching. Veel standaardisatiebureaus hebben nu controle over deze algoritmen en methoden om hun objectiviteit te waarborgen.
Chemische ionisatie
Bij chemische ionisatie (CI) wordt een reagensgas, meestal methaan of ammoniak, in de massaspectrometer gebracht. Er zijn twee soorten CI: positieve CI of negatieve CI. In beide gevallen zal het reagensgas interageren met de elektronen en de analyt en een 'zachte' ionisatie van het betrokken molecuul veroorzaken. Een zachtere ionisatie fragmenteert het molecuul in een lagere mate dan de harde ionisatie van EI. Chemici geven de voorkeur aan CI boven EI. Dit komt omdat CI ten minste één massafragment produceert met een gewicht dat bijna gelijk is aan het molecuulgewicht van de betrokken analyt.
Positieve Chemische Ionisatie
Bij Positieve Chemische Ionisatie (PCI) heeft het reagensgas een wisselwerking met het doelmolecuul, meestal met een protonuitwisseling. Dit produceert de ionensoort in relatief grote hoeveelheden.
Negatieve Chemische Ionisatie
Bij Negatieve Chemische Ionisatie (NCI) vermindert het reagensgas het effect van de vrije elektronen op de doelanalyt. Deze verminderde energie laat het fragment meestal in grote hoeveelheden achter. (De fragmenten vallen niet verder uiteen.)
Interpretatie
Het primaire doel van de instrumentanalyse is het meten van een hoeveelheid stof. Dit gebeurt door de relatieve concentraties tussen de atoommassa's in het gegenereerde massaspectrum te vergelijken. Er zijn twee soorten analyses mogelijk, een vergelijkende en een originele. Vergelijkende analyse vergelijkt in wezen het gegeven spectrum met een spectrumbibliotheek om te zien of de kenmerken ervan aanwezig zijn voor een bekend monster in de bibliotheek. Dit kan het beste worden uitgevoerd door een computer, omdat er veel visuele vervormingen kunnen optreden als gevolg van variaties in de schaal. Computers kunnen ook meer gegevens correleren (zoals de door de GC geïdentificeerde retentietijden), om bepaalde gegevens nauwkeuriger te kunnen relateren.
Een andere analysemethode meet de pieken ten opzichte van elkaar. In deze methode wordt de hoogste piek vastgesteld op 100%. De andere pieken krijgen een waarde die gelijk is aan de verhouding tussen de piekhoogte en de hoogste piekhoogte. Alle waarden boven 3% worden toegekend. De totale massa van de onbekende verbinding wordt normaal gesproken aangegeven door de bovenliggende piek. De waarde van deze ouderpiek kan worden gebruikt om te passen met een chemische formule die de verschillende elementen bevat waarvan wordt aangenomen dat ze in de verbinding zitten. Het isotopenpatroon in het spectrum is uniek voor elementen die veel isotopen hebben. Het kan dus ook gebruikt worden om de verschillende aanwezige elementen te identificeren. Dit vertelt de totale chemische formule van het onbekende molecuul. Omdat de structuur en de bindingen van een molecuul op karakteristieke wijze uiteenvallen, kunnen ze worden geïdentificeerd aan de hand van het verschil in piekmassa's. De geïdentificeerde molecuulstructuur moet in overeenstemming zijn met de door GC-MS geregistreerde kenmerken. Typisch wordt deze identificatie automatisch uitgevoerd door computerprogramma's die met het instrument worden meegeleverd. Deze programma's vergelijken de spectra met een bibliotheek van bekende verbindingen die dezelfde lijst van elementen hebben die in het monster aanwezig zouden kunnen zijn.
Een "full spectrum" analyse beschouwt alle "pieken" binnen een spectrum. Maar, selectieve ionenmonitoring (SIM) monitort alleen geselecteerde pieken die geassocieerd zijn met een specifieke stof. Scheikundigen gaan ervan uit dat bij een bepaalde retentietijd een set ionen kenmerkend is voor een bepaalde verbinding. SIM is een snelle en efficiënte analyse. SIM werkt het beste wanneer de analist eerdere informatie over een monster heeft of slechts naar een paar specifieke stoffen zoekt. Wanneer de hoeveelheid verzamelde informatie over de ionen in een bepaalde gaschromatografische piek afneemt, neemt de gevoeligheid van de analyse toe. Met de SIM-analyse kan dus een kleinere hoeveelheid van een verbinding worden gedetecteerd en gemeten. Maar de mate van zekerheid over de identiteit van die verbinding wordt verminderd.
GC-tandem MS
Wanneer een tweede fase van massafragmentatie wordt toegevoegd, bijvoorbeeld met behulp van een tweede quadrupool in een quadrupoolinstrument, wordt dit tandem MS (MS/MS) genoemd. MS/MS zijn goed in het meten van lage niveaus van doelverbindingen in een monster met een matrix van achtergrondverbindingen die niet van belang zijn.
De eerste quadrupool (Q1) is verbonden met een botsingscel (q2) en een andere quadrupool (Q3). Beide quadrupoles kunnen worden gebruikt in de scan- of statische modus, afhankelijk van het type MS/MS-analyse dat wordt gebruikt. Soorten analyses zijn onder andere product-ionenscan, precursor-ionenscan, Selected Reaction Monitoring (SRM) en Neutral Loss Scan. Bijvoorbeeld: Wanneer Q1 in de statische modus staat (waarbij slechts naar één massa wordt gekeken zoals in SIM), en Q3 in de scanmodus staat, krijgt men een zogenaamd product-ionenspectrum (ook wel "dochterspectrum" genoemd). Uit dit spectrum kan men een prominent production selecteren dat het production kan zijn voor het gekozen voorloperion. Het paar wordt een "overgang" genoemd en vormt de basis voor SRM. SRM is zeer specifiek en elimineert bijna volledig de matrixachtergrond.