In het oude Egypte zijn de Hebreeën slaven geworden en bidden zij om terugkeer naar het Beloofde Land ("Deliver Us"). Ondertussen zijn een slavin, Yocheved, en haar kinderen, Mirjam en Aaron, er getuige van dat verschillende mannelijke kinderen meedogenloos worden meegenomen en afgeslacht door de soldaten van Farao Seti I, die vreest dat een toename van Hebreeuwse mannen zal uitmonden in opstand. Uit angst voor de veiligheid van haar eigen zoon, plaatst ze hem in een mand op de Nijl. De mand komt aan bij het paleis van de Farao en Mirjam ziet hoe haar broer wordt opgenomen door de vrouw van de Farao, die hem Mozes noemt.
Twintig jaar later vernielen Mozes en zijn adoptiebroer Ramses per ongeluk een tempel terwijl ze met hun wagens racen, waarvoor de Farao hen berispt. Mozes probeert de schuld op zich te nemen en vertelt de Farao dat Ramses alleen zijn goedkeuring wilde. Tijdens een paleisbanket die avond benoemt de Farao Ramses tot regent en geeft hem het gezag over alle tempels in Egypte. Mozes krijgt later Tzippora, een meisje uit Midjan dat door de priesters Hotep en Huy als concubine is gevangen, nadat zij Ramses bijna heeft aangevallen. Mozes vernedert Tzipporah uiteindelijk door haar in een zwembad in het paleis te duwen, en Ramses benoemt hem later tot koninklijk hoofdarchitect.
Later die nacht helpt Mozes Tzipporah uit het paleis te ontsnappen en komt hij bij toeval zijn broers en zussen Mirjam en Aaron tegen. Mirjam probeert Mozes zijn ware verleden uit te leggen, maar hij weigert te luisteren en rent terug naar het paleis. Later heeft hij een nachtmerrie waarin hij er getuige van is dat verschillende Hebreeuwse kinderen in de Nijl worden gegooid en later onthult Seti dat hij de Hebreeuwse kinderen heeft "geofferd" om vergelding te voorkomen. De volgende dag ziet Mozes hoe een Egyptische opzichter een oudere Hebreeuwse slaaf afranselt. Hij doodt onbedoeld de bewaker door hem van een steiger te duwen. Hoewel Ramses Mozes smeekt om te blijven en dat hij onschuldig is, neemt Mozes afscheid van hem, voordat hij zichzelf verbant naar de woestijn.
Mozes komt dan aan in het land van de Midianieten, een stam waarvan Tzippora lid is. Hij wordt door de hogepriester en Tzippora's vader Jethro welkom geheten in de stam en wordt een deel van hun gemeenschap ("Through Heaven's Eyes"). Later trouwen hij en Tzipporah. Wanneer hij een verdwaald schaap een grot in jaagt, stuit Mozes op een brandende struik. Hierdoor draagt de stem van God hem op terug te keren naar Egypte en de geknechte Hebreeërs naar het Beloofde Land te leiden. Hij schenkt Mozes' herdersstaf zijn kracht en belooft dat Hij Mozes zal zeggen wat hij moet zeggen.
Mozes en Tzipporah reizen vervolgens naar Egypte en ontdekken dat tijdens zijn afwezigheid de behandeling van de slaven is verslechterd en dat Farao en zijn vrouw inmiddels zijn overleden, waardoor Ramses de macht heeft overgenomen. Hij begroet Mozes gelukkig. Wanneer Mozes Ramses vraagt de Hebreeërs te bevrijden en zijn verbond met God demonstreert door zijn staf in een Egyptische cobra te veranderen, doen Hotep en Huy deze transformatie grootmoedig na ("Playing With The Big Boys Now"), maar hun slangen worden opgegeten door die van Mozes. In plaats van toe te geven, verdubbelt Ramses de werklast van de Hebreeërs. Mozes en Tzippora ontmoeten vervolgens Aaron en Mirjam, waarbij de eerste Mozes uitscheldt omdat hij geen medelijden heeft met de jarenlange slavernij die de Hebreeërs hebben doorstaan. Miriam overtuigt later haar broer en de andere slaven om hen te vertrouwen. God brengt later de Tien Plagen over Egypte, maar Ramses laat zich niet afschrikken en weigert toe te geven aan Mozes' verzoek.
Mozes bereidt de Hebreeërs vervolgens voor op de laatste plaag door hen op te dragen hun deurposten met lamsbloed te beschilderen. De laatste plaag - de Engel des Doods - raast door de stad en doodt de eerstgeboren Egyptenaren - waaronder de zoon van Ramses - en spaart de Hebreeuwse kinderen. Een bedroefde Ramses staat dan toe dat Mozes en de Hebreeërs vertrekken.
De volgende dag verlaten Mozes, Aäron, Mirjam en Tzippora samen met de andere Hebreeën Egypte en komen aan bij de Rode Zee ("When You Believe"). Ramses en zijn leger komen aan en achtervolgen hen, en Mozes splijt de zee met zijn staf. De Hebreeën worden veilig naar de overkant geleid en het water sluit zich op het Egyptische leger, terwijl Ramses wordt gespaard en op de rotsen wordt gegooid. Mozes neemt een laatste, emotioneel afscheid van zijn broer, voordat hij de Hebreeërs naar de berg Sinaï leidt, waar hij de Tien Geboden van God ontvangt.