Cope keerde terug naar Philadelphia voor het einde van de Burgeroorlog. Hij trouwde met een Quaker meisje dat hij kende, Annie Pim. Zij woonde op een boerderij en de bruiloft werd bij haar thuis gehouden.
Cope schreef papers over vissen, walvissen en een over een fossiele kikker met een staart.p835 Cope's vader gaf geld aan een klein Quaker college genaamd Haverford College. Het college gaf Cope een eredoctoraat en nam hem in dienst om zoölogie te doceren.p48
Cope maakte wetenschappelijke reizen naar het Amerikaanse westen en schreef tijdens die reizen brieven aan zijn ouders en aan zijn vrouw en dochter. Hij vertelde zijn vader dat lesgeven hem te veel tijd kostte om wetenschappelijke ontdekkingen te doen.p143/6 Hij zegde zijn baan aan de universiteit op. Hij en zijn vrouw en dochter verhuisden vervolgens naar Haddonfield om dichter bij de fossielenbanken in het westen van New Jersey te zijn.
In Haddonfield, New Jersey bevonden zich mergelgroeven, waar in 1858 een dinosaurusskelet werd ontdekt door William Foulke en Hadrosaurus foulkii werd genoemd door Dr. Leidy van Philadelphia's Academy of Natural Sciences.p151/8 Cope vond er meer fossielen in de mergelgroeven. Zo beschreef hij in 1868 Elasmosaurus platyurus en Laelaps. Edward Cope ging ook op expeditie naar grotten; de laatste grot die hij bezocht waren de Wyandotte Caves in Indiana in 1871.p151/5
In zijn dertiger jaren schreef de Quaker veel wetenschappelijke artikelen die werden gepubliceerd. Charles Sternberg zei dat Cope in de fossielenvelden van Kansas een "ernstige aanval van nachtmerrie had ... elk dier waarvan we overdag sporen hadden gevonden speelde 's nachts met hem ... soms verloor hij de halve nacht in deze uitputtende sluimer".p167
Cope zocht ook naar fossielen in het westen van de Verenigde Staten. In 1872 onderzocht hij Eocene rotsen. De rotsen waren 55 tot 38 miljoen jaar oud. Dat jaar werkte hij te veel en kreeg een inzinking.p583 In 1873 bestudeerde hij de Titanothere bedden (lagen) van het noordoosten van Colorado. Titanothere was een grote uitgestorven planteneter.p183/194
De enquête van Wheeler
In 1874 meldde Cope zich aan als vrijwilliger voor de Wheeler Survey. Deze geologische karteringsreizen werden geleid door George Montague Wheeler. Zij brachten delen van de Verenigde Staten ten westen van de 100e meridiaan in kaart.p200 De 100e meridiaan ten westen is de grens tussen het droge westen en het regenachtige oosten van de Verenigde Staten.
In 1874 ontdekte Cope de Puerco formatie in New Mexico tijdens de Wheeler Survey.p200 De Puerco formatie was een laag zacht gesteente van 500 voet dik langs de bovenste Puerco rivier bij Cuba, New Mexico. Het was groene en zwarte mergel (die chemicaliën bevatte die werden gebruikt bij het maken van kunstmest). Fossielen werden later door iemand gevonden bij een soortgelijke formatie ten westen daarvan in een andere county. Cope zei dat het leek alsof die fossielen uit zijn Puerco formatie kwamen, die hij had ontdekt. Zijn klif kan gedurende lange tijd door de rivier zijn uitgegraven en het leek alsof het er al heel lang lag. Het was iets wat de wetenschappers die hij kende nog niet eerder hadden gezien. Als onderdeel van de Wheeler Survey kon hij inkopen doen bij commissariaten. Hij kon zijn vondst opnemen in de rapporten die het onderzoek publiceerde. Hij nam zijn vrouw en dochter mee op een reis van de survey en huurde een huis voor hen. Als vrijwilliger betaalde hij zijn eigen bijdrage.p63
Onafhankelijkheid
Toen Cope 35 was, stierf zijn vader en liet hem een kwart miljoen dollar na.p837 Het volgende jaar, 1876, verhuisde Cope zijn vrouw en dochter van hun huis bij de appelboomgaard in Haddonfield, New Jersey, terug naar Philadelphia, Pennsylvania - dit keer naar een rijtjeshuis in de stad. Hij kocht twee woningen en gebruikte de woning ernaast als paleo-lab voor zijn fossielenverzameling. Hij stopte met veldwerk om zijn schrijfwerk in te halen. Hij huurde teams in om voor hem naar fossielen te zoeken. En hij hielp de Philadelphia Centennial Exhibition met het opzetten van hun fossiele displays.p218 In 1877 kon hij de helft van de American Naturalist kopen.
Hij publiceerde zo snel dat zijn rivaal, professor Marsh, eraan twijfelde wanneer Cope's fossielen waren gevonden. In augustus 1878, toen hij 38 was, voer Cope naar de Britse eilanden om een wetenschappelijke conventie in Dublin Ierland bij te wonen. Vervolgens voer hij naar Frankrijk om daar een tweedaagse wetenschappelijke conventie bij te wonen. Op een van de conventies besloot hij enkele dozen met Argentijnse fossielen te kopen, misschien voor het museum in Philadelphia.
Toen Cope terugkwam, wachtte hem twee jaar lang verzamelen door zijn man Lucas. Dit omvatte een Camarasaurus, een sauropode.p42