Rio vertelt over het leven van een blauwe ara genaamd Blu. Hij wordt gevangen in een jungle bij Rio de Janeiro toen hij nog maar een baby was, en naar de Verenigde Staten gebracht. Dan zorgt Linda, een Amerikaanse, altijd voor hem, tot op een dag Tulio Blu adviseert dat hij de laatste van zijn soort is, en hij moet terugkeren naar Brazilië om Jewel, een vrouwtje van zijn soort, te ontmoeten. De twee ara's en verschillende vrienden proberen Blu en Jewel verliefd te laten worden zodat hun soort zal overleven, terwijl ze enkele obstakels overwinnen zoals vogelsmokkelaars en het feit dat Blu niet kan vliegen tot het einde van de film. Uiteindelijk kan Blu echter wel vliegen en redt hij Jewel van een val uit een vliegtuig.