De planeet Krypton dreigt te worden vernietigd door een onstabiele kern, en de heersende raad wordt bedreigd door de rebelse generaal Zod en zijn volgelingen. Wetenschapper Jor-El en zijn vrouw Lara-El prenten in het geheim een genetische codex in de cellen van hun pasgeboren zoon Kal-El, en lanceren hem op een ruimteschip naar de aarde om het Kryptonische ras te behouden. Nadat Zod Jor-El heeft vermoord, worden hij en zijn volgelingen verbannen naar de Phantom Zone, maar weten te ontsnappen wanneer Krypton explodeert. De baby Kal-El landt op aarde in Smallville, Kansas, waar hij wordt ontdekt door het echtpaar Jonathan en Martha Kent, die hem Clark noemen en hem opvoeden als hun geadopteerde zoon.
De Kryptonische fysiologie van Clark geeft hem bovenmenselijke gaven op aarde. De jonge Clark leert geleidelijk de gaven aan te scherpen die hem aanvankelijk verwarring en ongemak bezorgen. Jonathan onthult aan een tiener Clark dat hij een alien is, en adviseert hem om zijn krachten niet in het openbaar te gebruiken, uit angst dat de maatschappij hem zou afwijzen. Na Jonathans dood brengt een volwassen Clark de volgende jaren door met een zwervend bestaan, waarbij hij verschillende baantjes heeft onder valse namen om zijn sporen uit te wissen en zijn identiteit te verbergen. Uiteindelijk ontdekt hij een Kryptonisch verkenningsschip met technologie die hem in staat stelt te communiceren met het bewustzijn van Jor-El in de vorm van een hologram. Lois Lane, een journaliste van de Daily Planet die de Pulitzerprijs heeft gewonnen, ontdekt het schip ook tijdens een verhaal, en wordt door Clark gered als ze gewond raakt. Lois's redacteur Perry White wijst haar verhaal over een "bovenmenselijke" redder af, dus spoort ze Clark terug naar Smallville met de bedoeling een exposé te schrijven. Nadat ze zijn verhaal heeft gehoord, besluit ze zijn geheim niet te onthullen.
Zod ontdekt het verkenningsschip en reist naar de aarde, waar hij eist dat Kal-El zich aan hem overgeeft, anders zal de mensheid onder de gevolgen lijden. Clark stemt toe in de overgave aan het Amerikaanse leger, dat Lois en Clark overdraagt aan Zod's tweede man, Faora. Zod onthult dat hij van plan is een terravormende "wereldmachine" te gebruiken om de aarde in een Krypton-achtige planeet te veranderen, de menselijke bevolking uit te roeien en de codex te gebruiken om de planeet opnieuw te bevolken met genetisch gemanipuleerde Kryptoniërs. Nadat Clark en Lois uit het schip zijn ontsnapt, verslaat Clark Faora en een andere handlanger van Zod in Smallville, en overtuigt het leger ervan dat hij aan hun kant staat. Zod zet de wereldmotor in werking en begint met de terravorming in Metropolis en boven de Indische Oceaan.
Clark, nu bijgenaamd "Superman", stopt de wereldmotor in de Indische Oceaan. Het leger gebruikt het ruimteschip dat Superman naar de aarde bracht in een luchtaanval om een portaal te creëren dat Zod's schip en zijn bemanning naar de Phantom Zone terugbrengt. Alleen Zod blijft over, en hij en Superman gaan de strijd met elkaar aan. Na een gevecht wordt Superman gedwongen Zod te doden om een groep onschuldige burgers te redden die Zod probeert te vermoorden. Superman besluit zich in de maatschappij te mengen door een bril te dragen, zich zachtaardig te gedragen en zijn identiteit als Clark Kent weer aan te nemen. Hij wordt door White ingehuurd om als verslaggever voor de Daily Planet te werken