De term nationale kerk is gewoonlijk een verwijzing naar een kerkelijke organisatie in het christendom die pastorale jurisdictie over een natie claimt. De term mag niet worden verward met gevestigde kerk (staatskerk): een nationale kerk verschilt van een staatskerk in die zin dat een nationale kerk niet noodzakelijkerwijs officieel door de staat hoeft te worden goedgekeurd, en zelfs door de overheid kan worden vervolgd (zoals orthodoxe kerken werden vervolgd onder communistische regimes).
De term nationale kerk (of onafhankelijke kerk) wordt veel gebruikt binnen, maar niet afgekort tot, de Anglicaanse Communie en het Orthodoxe Christendom. Zo beschouwt de Episcopale Kerkin de Verenigde Staten van Amerika zichzelf als de nationale kerk van de Verenigde Staten.
In het katholicisme kan de term nationale kerk verwijzen naar een parochie die immigranten uit een ander land ontvangt.