In het late Jura was dit gebied een archipel aan de rand van de Tethyszee. Dit omvatte rustige lagunes die slechts beperkt toegang hadden tot de open zee omdat zij omringd waren door koraalriffen. De waterafvoer vanaf het land was gering en onder de zon was de verdamping groot. Het zoutgehalte steeg zo hoog dat in de pekel geen leven mogelijk was, behalve aan de top van de waterkolom.
Het laagste water was niet alleen zeer zout, maar ook hypoxisch: zeer zuurstofarm. Dit werd veroorzaakt door het gebrek aan watermenging. Veel gewone aaseters waren afwezig op de bodem van de lagune. Uit de toestand van het water volgt dat bijna alle gefossiliseerde dieren niet in de lagune leefden. Ze moeten op het land geleefd hebben, in de lucht, of op zee voorbij het rif. Als ze dan stierven, vielen ze, dreven ze weg of spoelden ze vanuit de lucht, de oceaan of het land de lagunes in. Incidentele stormen op zee zouden vliegende dieren hebben gedood en de vissen over het rif hebben geslingerd in een suspensie van fijn verdeelde kalk. Daar zonken de lichamen in de dode zone en werden bewaard.
Eenmaal in de lagune, werden de lichamen begraven in zachte carbonaatmodder. Zo konden vele tere schepsels voorkomen dat ze door aaseters werden opgegeten of door de stroming werden verscheurd. De vleugels van libellen, de afdrukken van verdwaalde veren, en landplanten die in de lagunes aanspoelden, bleven allemaal bewaard.
"De verscheidenheid en het aantal bekende fossielen is bedrieglijk. Het aantal fossielen is vrij gering. Een arbeider kan een hele dag delfen en er niet één vinden. De honderden jaren van ontginnen zijn er de oorzaak van dat ze zo veel lijken voor te komen".
Het scala aan fossiele soorten geeft een uitgebreid beeld van een plaatselijk Jura-ecosysteem. Soms droogden de lagunes bijna uit, waardoor kleverige carbonaatmodder werd blootgelegd waarin insecten en zelfs een paar kleine dinosaurussen gevangen zaten. Er zijn meer dan 600 soorten geïdentificeerd. Zeven geslachten en tot 29 soorten pterosaurussen zijn gevonden. Dit suggereert dat in dit ecosysteem pterosaurussen algemener en gediversifieerder waren dan vogels. De afmetingen van de pterosaurus varieerden van die van een mus tot 1,2 m (4 ft) in lengte.
De fijnkorrelige textuur van het slib dat de kalksteen vormt, is ideaal voor het maken van lithografische platen voor het drukken van illustraties. Uitgebreide afgravingen in de 19e eeuw brachten vele fossiele vondsten aan het licht, zoals wordt herdacht met de naam Archaeopteryx lithographica, waarvan alle specimens uit deze afzettingen afkomstig zijn. Het Orca-bekken in het noorden van de Golf van Mexico zou het meest overeenkomen met de Solnhofen-omstandigheden, hoewel dat gebied veel dieper is dan de Solnhofen-lagunes.
